Bioénergétique et Ingénierie des Protéines (BIP)

Pôle / Axe #1 : Cycle du phage et métabolisme bactérie

Equipe de recherche :

BIP 01

Expertises :

Étude des protéines chaperons et de complexes enzymatiques membranaires;
Étude du fonctionnement au niveau moléculaire des chaperons généraux Hsp90,Hsp33 et du système DnaK avec ces co-chaperons à domaine J(JDP);
Étude des enzymes respiratoires impliquées dans l’oxydation ou la réduction énergétiques de composés inorganiques du soufre et des composés organiques;
Comprendre l’évolution et le métabolisme du système microbien dans des conditions de stress toxique industriel,environnementale et physico-chimique;
Comprendre le fonctionnement des bactéries dans le cas de dépollution, production de catalyseurs et production d’hydrogène;

Ressources :

Techniques de génétiques (cribles, sélections, mutagenèses dirigées et aléatoires);
Purification de biocatalyseur ;
Interactions protéines-protéines;
Système de réactivation de protéine in vitro;
Systèmes de prévention d’agrégation des protéines;
Fluorescence;
Dichroïsme circulaire;
Spectroscopie UV-visible;
ICP-OES;
Culture de bactéries;
Identification des bactéries;

Pôle / Axe #2 : N/A

Equipe de recherche :

BIP 02

Expertises :

Étude du métabolisme des algues : de l’accumulation du CO2 jusqu’à la mobilisation des acides gras;

Étude historique lipase et l’inhibiteur de lipase humaine;

Ressources :

Cultivation d’algues;
Production de protéines recombinantes;
Purification de protéines;
Tests d’activités enzymatiques;
Transformation d’algues;
Analyse quantitative des lipides neutres par CCM-FID;
Analyse quantitative des lipides neutres et polaires par CCM-densitométrie;
Analyse par GC d’esters méthyliques d’acides gras;
Adsorption de protéines sur films langmuir;
Cinétique enzymatique interfaciale avec cuve d’ordre zéro;
Mesure de tension interfaciale;
Rhéologie interfaciale;
Spectroscopie IR : FTIR et ATR-FTIR;
Diffusion des rayons X aux petits angles;
Diffusion des neutrons aux petits angles;
Diffusion dynamique de la lumière;
Dynamique des protéines;
Diffusion translationnelle;
Cinétique d’activité enzymatique;

Pôle / Axe #3 : N/A

Equipe de recherche :

BIP 05

Expertises :

Étude du rôle des hydrogénases dans le métabolisme énergétique des cellules et les mécanismes réactionnels de ces enzymes ;

Étude concernant les oxydases terminales et la respiration aérobie bactérienne;

Ressources :

Mesure de gaz GC;
Culture des bactéries aérobies;
Suivi de métabolisme;
Chambre anaérobie;

Pôle / Axe #4 : N/A

Equipe de recherche :

BIP 06

Expertises :

Étude des aspects cinétiques du fonctionnement d’enzymes respiratoires multicentres;
Étude du mécanisme catalytique au site actif des métalloenzymes et la sensibilité à l’oxygène des hydrogénases;
Production des catalyseurs bioinspirés(catalyseurs reconstitués chimiquement et inspirés du vivant);
Production de Catalyseurs réductases de Cobalt ;

Ressources :

Électrochimie directe;
Chambre anaérobie;
Modélisation du fonctionnement du vivant à partir des données expérimentales;

Pôle / Axe #5 : N/A

Equipe de recherche :

BIP 07

Expertises :

Étude des enzymes bactériennes de molybdène et tungstène;
Élucidation au niveau moléculaire des mécanismes à la formation de molybdoenzymes;
Étude des mécanismes d’utilisation des quinones par les membranes à complexes énergétiques;
Caractérisation des sites de cuivre (Cu) afin de déterminer les ligands, structures et propriétés électroniques;
Étude des dynamiques des protéines structurales;

Ressources :

Pôle / Axe #6 : N/A

Equipe de recherche :

BIP 08

Expertises :

Imitation des chemins de transfert physiologique des électrons ;
Modification chimiquement pour positionner l’enzyme dans une orientation favorable au transfert d’électrons;
Quantification des courants de catalyse médiés par des molécules redox diffusantes en solution;

Ressources :

Voltamétrie cyclique (CV);
Résonance plasmonique de surface électrochimique (e-SPR);
Microbalance électrochimique à cristaux de quartz (e-QCM);
Microscopie de fluorescence sous contrôle du potentiel électrochimique.;
La microscopie photonique confocale ;
Monocouches auto-assemblées (SAM);
Nanotubes de carbone (CNT);

Pôle / Axe #7 : N/A

Equipe de recherche :

BIP 09

Expertises :

Étude des chaînes de conservation d’énergie procaryotes sélectionnées ; Élaboration des caractéristiques communes et des principes conservés des chaînes de conservation d’énergie procaryotes;
Élucidation des origines et des voies d’évolution de la conversion de l’énergie biologique.

Ressources :

Chambre anaérobie;
Cinétique rapide;
Croissance microbienne en conditions toxiques;
Manipulation des produits chimiques toxiques en conditions de différence de pression..

Pôle / Axe #8 : Résonance Paramagnétique Electronique (RPE)

Expertises :

La Résonance Paramagnétique Electronique (RPE) est une technique centrale pour la caractérisation des espèces paramagnétiques. Dans le domaine des sciences de la vie, elle est particulièrement bien adaptée à l’analyse moléculaire des systèmes biologiques, leurs fonctions et leurs interactions.

Notre plateforme de RPE est

labélisée Plateforme Technologique d’Aix-Marseille,
un des quatre centres français de RPE à avoir intégré la fédération de recherche Infranalytics (FR CNRS 2054). Il s’agit du centre le plus important en termes d’équipements RPE et de ressources humaines.
l’unique centre de RPE dans le consortium européen MOSBRI.

Notre plateforme est principalement dédiée aux applications et aux développements des sciences de la vie à l’interface chimie-biologie. Elle bénéficie du soutien scientifique de 9 chercheurs et 2 ingénieurs.

Ressources :

Spectrometer Bruker ELEXSYS E580
• Multifrequency : X-band (9 GHz, pulsed mode), Q-band (35 GHz, pulsed mode) and W-band W (95 GHz, pulsed and continuous mode).
• Temperature : 1.5 – 300 K.
• Cryofree system (recycled Helium) : 5.5 – 240 K.
• Arbitrary Wave Generator for microwave pulse shaping.
• Double resonance : ENDOR and ELDOR (DEER) at X-band Q-band, ELDOR (DEER) at W-band.
Spectrometer Bruker ELEXSYS E500
• Multifrequency continuous wave: S-band (4 GHz), X-band (9 GHz), Q-band (35 GHz).
• Temperature range : 1.5 – 300 K.
• Double resonance : ENDOR (X-band).
• in situ electrochemistry and in situ photochemistry available.
Spectrometer Bruker ELEXSYS E500 II
• Continuous wave: X-band (9 GHz).
• Temperature range : 80 – 320 K.
• in situ electrochemistry and in situ photochemistry available.
Spectrometer Bruker Magnettech MS 5000
• Bench-top EPR Spectrometer.
• Continuous wave: X-band (9 GHz).
• Room Temperature.
Glovebox for sample preparation under anaerobic conditions
Storage of samples in liquid N2