Un continuum dans la recherche sur le cancer, de la recherche fondamentale à la recherche translationnelle et clinique.
Aborde les aspects fondamentaux de la recherche en cancérologie, allant de l’initiation au développement du cancer jusqu’à sa dissémination sous forme plus agressive (métastatique) en identifiant les altérations moléculaires, les mécanismes d’instabilité du génome et de sa réparation et en étudiant leurs conséquences fonctionnelles dans des contextes in vitro et in vivo.
La recherche translationnelle et clinique permet d’identifier de nouveaux biomarqueurs de pronostic et de diagnostic et de lancer des essais cliniques innovants étroitement liés aux activités de laboratoire.
Biothérapies, Cancer, Immunité innée, mAb, Déficit immunitaire; Hémopathies malignes, Etudes précliniques, Identification de nouvelles cibles, Microenvironnement, Etudes précliniques, oncologie, recherche translationnelle, In vitro, In vivo, Xenogreffes,Chemogrammes, Simple domaine d’anticorps, Nanobodies, Phage display, Cibles thérapeutiques, Anticorps thérapeutiques, Thérapie, Imagerie, Cancérologie, Maladies neurodégénératives, Criblage, immunophénotypage, phosphoflow, apoptose, prolifération, métastase, Protéomique, Interatome, Biomarqueurs, Biophysique, Séquençage N ter, Dynamique conformationnelle par HDX, Oligomérisation, stoechiométrie,
Thématique(s) : Santé et sciences de la vie
Directeur(s) / Chef(s) : J.Paul BORG
Adresse : 27 Bd Leï Roure 13273 Marseille
Site internet : https://www.crcm-marseille.fr/
Pôle / Axe #1 :
Equipe de recherche :
Interactions Leuco/Stromales dans l’hématopoïèse normale et pathologique
Expertises :
Caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans les interactions entre cellules hématopoïétiques et stromales au sein des niches afin de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques adjuvantes visant à réduire la résistance aux traitements dans les Leucémies Aigües;
Etude de la régulation de l’expression de JAM-B et de JAM-C en condition physiologique et pathologique afin de déterminer les indications d’un ciblage thérapeutique de ces molécules d’adhérence;
Déterminer les mécanismes moléculaires permettant la migration et l’adhésion spécifiques des différentes sous-populations de LB à leurs niches respectives;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Capostromex;
Projet Libre INCa;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Hématopoïèse, mécanisme biologique, cellules souches hématopoïétiques, sang, niches, stromales, cellules stromales médullaires, leucémies aigües, molécules d'adhérence jonctionnelles, jonction, JAM-B, JAM-C, Arcangeli, Stem Cells, Blood, CSH, LAM, molécules d'adhérences, régulation transcriptionnelle, lymphocyte B, pro-B, IL-7, galectine-1, niche IL7+,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #2 :
Equipe de recherche :
Mécanismes Moléculaires de la Migration des Cellules Tumorales
Expertises :
Caractérisation d’autres complexes régulant la dynamique des microtubules, dans la cellule en migration, mais aussi durant la mitose, au niveau moléculaire par l’utilisation d’approches protéomiques/phospho-protéomiques et structurales et au niveau fonctionnelle par des approches d’imagerie cellulaire;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Capostromex;
Projet Libre INCa;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : métastase, migration cellulaire, microtubules, cytosquelette, septine, filament actine, récepteur à tyrosine kinase ErbB2/HER2, protéine Memo, GTPase RhoA, formine mDia1, suppresseur de tumeur APC, spectraplakine, ACF7, APC,+TIP, EB1, myomégaline, SMYLE, AKAP9, protéine centrosomale, CDK5RAP2. SMYLE, γ-TuRC, processur oncongénique, septine 9;,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #3 :
Equipe de recherche :
Apprentissage Automatique pour l’Oncologie de Précision et la Conception de Médicaments
Expertises :
Recherches portant sur le développement et l’application de méthodes informatiques permettant de prédire et d’analyser la modulation de la fonction des protéines et des cellules par de petites molécules organiques. Ces problèmes peuvent être résolus en générant des modèles prédictifs à partir de données pertinentes à l’aide de l’apprentissage automatique;
Dans ce domaine, les problèmes d’intérêt comprennent la prédiction de la réponse thérapeutique des tumeurs à partir de leur profil moléculaire pour l’oncologie de précision, la modélisation pharmaco-omique du cancer pour la conception de médicaments phénotypiques, la prédiction de cibles moléculaires par exploration de données de bioactivité et la conception de médicaments ciblés;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Capostromex;
Projet Libre INCa;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : apprentissage automatique, oncologie, IA, méthodes informatiques, modulation, modèles prédictifs, oncologie de précision, de méthodes computationnelles, numérique, RNA-seq, Methyl-Seq, pharmacogénomique,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #4 :
Equipe de recherche :
Oncologie Prédictive
Expertises :
Amélioration de la classification des tumeurs, de mieux établir leur pronostic, leur susceptibilité à un traitement et/ ou les options thérapeutiques associées;
Programmes d’oncologie translationelle pour les ancers du sein et du colon / biomarqueurs et modèles métastatiques et resistance thérapeutique : Etablir les rôles des cellules tumorales circulantes (CTC) en tant que biomarqueur peu invasif permettant d’évaluer l’efficacité thérapeutique, et plus spécifiquement détecter des signes précoces de résistance au traitement administré.
Développer des « mini-tumeurs », la nouvelle génération d’organoïdes dérivés de tumeurs ou tumoroïdes. Il s’agit de structure en 3D composées de cellules malignes en interaction avec leur microenvironnement (notamment les fibroblastes, qui représentent la majorité des cellules composant le stroma, les cellules endothéliales et /ou les cellules immunitaires);
Biologie computationnelle et analyse in silico;
médecine personnalisée;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Capostromex;
Projet Libre INCa;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : oncogenèse, tumeurs, pronostic, biomarqueurs, biologie computationnelle, medecine personnalisée, génomique, nanoparticules, ciblage thérapeutique, ADC, structure 3D, micro-fluidique, métastase sur puce, nectine-4, PVRL4, HER2, N41mab-vcMMAE,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #5 :
Equipe de recherche :
Polarité Cellulaire, Signalisation et Cancer
Expertises :
Etudes fondamentales sur le mode d’action de ces protéines en utilisant des méthodes de biologie cellulaire, protéomique et génétique et d’évaluer leur implication dans le cancer en utilisant nos modèles de souris ainsi que les ressources et expertises cliniques.
Etude des gènes WNT/PCP SCRIBBLE (et ses homologues ERBIN et LANO), PTK7 et VANGL2 ainsi que sur le suppresseur de tumeurs LKB1 dont l’implication dans la signalisation AMPK et WNT.
Identification des réseaux moléculaires associés à ces molécules dans des situations physiologiques et tumorales, démonstration de l’implication de VANGL2, PRICKLE1, PTK7 et ERBIN dans divers cancers.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Capostromex;
Projet Libre INCa;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : phénotype tumoral, polarité cellulaire, tissus épithéliaux, apoptose, métastase, axes polarité, PTK7, VANGL1, VANGL2, WNT, SCRIBBLE, PRICKLE1, MINK1, ERBIN, LANO, LKB1, AMPK, tumeur, fondamentale, protéine cytoplasmique, domaine LRR, leucine rich repeat, PDZ PSD95-DLG-ZO1, PNAS, oncogénicité, WNT/b-caténine, LAP, tumeur, cancer, protéine chimiorésistance, radiorésistance, micro-environnement cellulaire, p62/SQSTM1, JNK, AKT, RICTOR-MINK1, souris scribble, RTK, scRNA-seq, syndrome de Peutz-Jeghers, CPNPC, E-Cadhérine, SILAC, NANOTUMOR, micro-modélisation, microfluidique, biomécanique, biologie cellulaire, protéomique, WNT/PCP SCRIBBLE,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #6 :
Equipe de recherche :
Anticorps Thérapeutiques et Immunociblage
Expertises :
Utilisation de solutions d’ingénierie d’anticorps pour générer des molécules innovantes capables de moduler efficacement la réponse immunitaire anti-tumorale par le recrutement et l’activation de cellules immunitaires innées.
Développement d’une expertise dans la génération et l’utilisation de nanobodies pour le traitement du cancer et le diagnostic en utilisant des méthodes de sélection in vitro telles que le phage display.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Capostromex;
Projet Libre INCa;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : phage display, immunothérapie, NK, immunosurveillance, nanobody, biparatopique, tumeur, immunothérapie, nanosenseurs, conjugués nanobodies-quantum dots, cancérothérapie,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #7 :
Equipe de recherche :
Cellules souches épithéliales et cancer
Expertises :
Décryptage du rôle des cellules souches cancéreuses (CSCs) au cours des différentes étapes de la carcinogenèse, de l’initiation tumorale à la formation des métastases afin de prévenir ou contourner la résistance thérapeutique.
Pionnière dans la découverte et la caractérisation des cellules souches cancéreuses (CSC) mammaires.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : cellules souches cancéreuses, carcinogénèse, initiation tumorale, cancers, métastase, carcinomes squameux,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #8 :
Equipe de recherche :
Biologie Structurale et Chimie-Biologie Intégrée
Expertises :
Identifier, comprendre, valider et cibler les voies de signalisation de la cellule tumorale impliquant des interfaces d’interaction protéine-protéine dans le but spécifique de faciliter le transfert des cibles thérapeutiques/pharmacologique identifiées vers des programmes de développement préclinique et clinique en oncologie.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : cellule tumorale, oncologie, bromodomaine, BET, cancer, BD1, BD2, Pan-BET, candidats médicaments, immune checkpoints, point de contrôle immunitaire, PPIs, immunosuppression, immunothérapie, micro-environnement, tumeur, chémoinformatique, action immuno-modulatrice, SIRPα-CD47,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #9 :
Equipe de recherche :
Signalisation Hématopoïèse et mécanismes de l’oncogénèse
Expertises :
Identification des mécanismes, des voies et des acteurs protéiques initiés par des mutations transformantes du récepteur c-Kit et à leur impact dans différentes pathologies liées à ce récepteur (hémopathies, mastocytose, tumeurs stromales gastro-intestinales-GIST, mélanomes).
La recherche de l’implication de nouveaux substrats/voies spécifiques liés à une signalisation oncogénique, en aval de Récepteur Tyrosine Kinases activés, par des approches de protéomique ou par une approche SiRNA kinome;
Caractérisation de Kinases qui participent à la transformation cellulaire;
Oncométabolisme dans les hémopathies malignes;
Développement et caractérisation d’inhibiteurs chimiques;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : hématopoïèse, homéostasie, c-Kit, hémopathies, mastocytose, tumeurs stromales gastro-intestinales-GIST, mélanomes, onco-hématologie, FLT3, mastocytose, SiRNA kinome, masitinib, cancer, mastocytose, LAM, kinase, oncogénique, oncométabolisme, oncométabolite, hémopathies malignes, RNA-Seq, ChIP-Seq,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #10 :
Equipe de recherche :
Facteurs épigénétiques dont l’hématopoïèse normale et pathologique
Expertises :
Décryptage des réseaux transcriptionnels impliqués dans la régulation de la prolifération versus la différenciation des cellules hématopoïétiques normales ou pathologiques.
Intérets pour les mécanismes épigénétiques liés à la dérégulation de l’hématopoïèse liée à l’âge.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : leucémie aiguë myéloïde, cellule souche hématopoïétique, épigénétique, vieillissement, expression génique, cellule myéloide, immuno-sénescence,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #11 :
Equipe de recherche :
Contrôle des Endonucléases à spécificité de structure et stabilité du génome
Expertises :
Etude de la régulation des endonucléases au cours du cycle cellulaire et en réponse aux stress génotoxiques.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : endonucléase, levure Schizosaccharomyces, cancer, stress génotoxique,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #12 :
Equipe de recherche :
Télomères et chromatine
Expertises :
Etude des modèles de levure les mécanismes qui maintiennent la longueur des télomères, la réplication des télomères, et les réponses cellulaires à l’érosion des télomères.
relocalisation des télomères érodés au Pore Nucléaire pendant la sénescence réplicative et les conséquences fonctionnelles de cette relocalisation.
Etude des mécanismes de maintenance des télomères pendant la quiescence chez la levure.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : télomère chromosome, sénescence, cancer, levure S. pombe, ALT, ATRX, p21+/mTERT, Tert, télomérase, C9orf72, sclérose latérale amyotrophique, pore nucléaire, nucloporine, kinase p21, p53, mCherry-2A-mTert, ostéosarcomes, SET1, COMPASS, H3K4, Mer2, Spp1, DSB,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #13 :
Equipe de recherche :
Cancer pancréatique
Expertises :
Etude de la manière de personnaliser le traitement des cancers pancréatiques à travers l’étude de leur hétérogénéité.
Exploration du rôle des mitochondries dans la carcinogenèse pancréatique.
Analyse des changements métaboliques qui se produisent dans les cellules pancréatiques transformées.
Passage au crible de nouveaux composes anti-tumoraux que nous produisons nous même et étudions leur mode de fonctionnement.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : cancer pancréatique, mitochondrie, stress cellulaire, cancinogénèse, métabolisme mitochondrial, apoptose, PDAC, tumeur, stress oxydatif, médecine personnalisée, adénocarcinome pancréas, tumorigène, stroma tumoral, CAF, chimiorésistance, PAP/REG3A, ERC-PoC, angiogenèse, microenvironnement, EndMT, Tiel, transition endothélio-mésenchymateuse, médecine de précision, si/shRNA, Crispr/Cas9, glycosylation, ADKP, cadhérine, invadopodes, invadomique, transcriptomique, protéomique, lipidomique, pré-néoplasique, LDLR,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #14 :
Equipe de recherche :
ATIP/AVENIR Lésions de l’ADN par pontage inter-brin et maladies du sang
Expertises :
Détection des lésions du LCI pour caractériser sa réparation. Analyse de la distribution spatiale des lésions/réparations dans les cellules et sur la caractérisation de l’interaction entre les différentes voies de réparation des LSC;
Rôle de FAN1 dans la résistance du cancer à la chimiothérapie;
Rôle de l’UFM1 dans les cellules hématopoïétiques;
Combinaison des approches multidisciplinaires regroupant le travail de biologistes, de pathologistes, de cliniciens et de chimistes afin de surmonter le manque d’outils appropriés;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : réticulation, leucémie, intégrité ADN, anomalies voies de réparation, FAN1, UFM1,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #15 :
Equipe de recherche :
Dynamique du génome et recombinaison
Expertises :
Régulation des évènements de recombinaison qui n’impliquent qu’une seule extrémité d’ADN car ces évènements sont connus pour générer des GCRs;
Régulation de la recombinaison au cours de la méiose et l’étude des échanges entre molécules d’ADN qui se produisent au cours de cette division cellulaire particulière mais essentielle à la reproduction sexuée;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : génome, réarrangement chromosomique,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #16 :
Equipe de recherche :
Recombinaison homologue, NHEJ et sauvegarde de l’intégrité génomique
Expertises :
Etude des mécanismes de réparation des cassures double-brin de l’ADN au niveau moléculaire, en particulier la recombinaison homologue et la voie de Jonction d’Extrémités Non-Homologues (NHEJ) par une combinaison d’approches bochimiques et de biologie cellulaire;
Utilisation des méthodes ‘single molecule’ permettant de visualiser et de suivre le comportement dynamique des protéines impliquées dans le processus de réparation à l’œuvre sur des molécules d’ADN isolées;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : cancer, recombinaison homologue, NHEJ, voie de Jonction d’Extrémités Non-Homologues, single molécule, recombinase RAD51, BRCA2, ADN Ligase 4, co-facteurs XRCC4, XLF,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #17 :
Equipe de recherche :
Immunité et Cancer
Expertises :
Réalisation d’un continuum entre la recherche fondamentale au diagnostic et aux approches thérapeutique du système immunitaire en cancérologie et dans les infections chroniques;
Analyse des mécanismes d’échappement au système immunitaire associés au cancer et au infections virales chroniques et spécifiquement l’immunité innée et les mécanismes de cosignalisation;
L’intégration de pathologistes et cliniciens permet de proposer de nouveaux biomarqueurs et des stratégies thérapeutiques innovantes ayant pour buts de restaurer les réponses immunes;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : système immunitaire, cancérologi, infection chronique, infection virale, CD28/B7, BTN3A, anticorps monoclonaux, protéine recombiante, voie phosphatidyl-inositol 3’-kinase, PI-3K, lymphocyte, immunothérapie allogénique, greffe allogénique, WT1, anticoprs anti-KIR, mélanome,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #18 :
Equipe de recherche :
Dommages de l’ADN et instabilité du génome
Expertises :
Développement d’une nouvelle technique qui permettant d’insérer une lésion unique en un site spécifique du chromosome bactérien (Escherichia coli). Cette approche permet de suivre in vivo et de manière quantitative, la répartition entre synthèse translasionnelle (TLS) et contournement des dommages (DA) dans différents fonds génétiques, afin de déterminer les gènes qui régulent l’équilibre entre ces deux voies.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : génome, synthèse translasionnelle, Damage Avoidance,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #19 :
Equipe de recherche :
Régulation spatio-temporelle de la signalisation – Scaffolds et Phosphoinositides
Expertises :
Etude de nouvelles voies de signalisation intracellulaire et de communication intercellulaire et leurs potentielles applications dans le domaine de la cancérologie;
travaux sont axés sur les protéines d’échafaudage (héparan sulfate protéoglycanes et protéines à domaines PDZ) et sur les phosphoinositides, deux groupes de molécules qui jouent un rôle important dans l’organisation spatio-temporelle de la signalisation intracellulaire;
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : thérapeutique innovante, Signalisation cellulaire, protéines d’échafaudage, lipides de signalization, compartimentalisation de la membrane, processus nucléaires, biologie cellulaire, biochimie, modèles animaux, cancer, découverte de nouvelles drogues,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #20 :
Equipe de recherche :
INRIA/INSERM
Pharmacologie computationnelle et oncologie clinique
Expertises :
Développement d’outils pharmacométriques issus de la modélisation mathématique de type phénoménologique et du mechanistic learning appliqués à l’optimisation du traitement du cancer : outils d’aide à la décision et à la prédiction, optimisation des schémas thérapeutiques et des stratégies combinatoires, modélisation des processus tumoraux.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Modélisation mathématique, Biomarqueurs, Pharmacocinétique, Mechanistic Learning, Essais cliniques, Combinaisons, Pharmacologie,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #21 :
Equipe de recherche :
Glycosylation, interfaces cellulaires et nouvelles thérapies
Expertises :
Analyse des interactions cellulaires durant la progression tumorale; mécanismes moléculaire du contrôle de la glycosylation des protéines, anticorps thérapeutiques
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Tumeurs solides, organoides, cancer du foie, matrice extracellulaire, competition cellulaire
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #22 :
Equipe de recherche :
Ubiquitine et Cancer du poumon
Expertises :
Study of the molecular mechanisms of regulation of the Ubiquitin-Proteasome cellular degradation machinery by the heme and oxidative stress response pathway, with a specific focus on the Cullin-RING Ubiquitin Ligases (CRLs) family.
Study of the mechanisms of pathogenesis of Non-Small Cell Lung Cancers (NSCLCs), in particular of the KEAP1/NRF2-mutated NSCLCs subgroup, and identification of new therapeutic strategy for NSCLCs patients.
Use of orthogonal approaches that leverage biochemical and molecular biology tools, together with proteomics and mouse genetics to dissect the mechanisms allowing the heme-oxidative stress-protein degradation pathway to regulate cell signaling and lung cancer pathogenesis.
Ressources :
Plateforme Cytométrie : classement de cellules:
Becton Dickinson
Aria II (3 lasers 405 /488/633nm – 9 PMT)
Aria III SORP (5 lasers 350/405/488/532/630 nm – 18 PMT)
Plateforme Cytométrie : Analyseur
– LSRII SORP analyzer (4 lasers 405/488/532/630- 17 PMT) (Becton Dickinson)
– Fortessa analyzer (3 lasers 405/488/630- 11 PMT) (Becton Dickinson)
– Canto analyzer (2 lasers 488/630 – 6 PMT) (Becton Dickinson)
Plateforme Cytométrie : Automats
Automacs Pro (Miltenyi Biotec) under hood
Plateforme Cytométrie : Bio-Plex
BIO-Plex 200 (BioRad)
Plateforme Cytométrie : logiciel
1 workstation (PC) equipped with FlowJo and Spectroflo software
1 workstation (PC) equipped with KALUZA, FlowJo and Diva software
1 OMIQ license;
Plateforme 3D-Hub-O : Stéréomicroscope Leica M205FA motorized under sterile hood. DAPI, GFP, YFP, RFP filters and monochrome Leica DFC9000 GT camera. Logiciel Leica LAS X.
Motorized Microscope Evos M7000 with CELESTE software
Electroporator Sonidel NEPA21 specialized for organoids electroporation
Cell culture basis (Incubator HERAcell VIOS 160i, Sterile hood, Centrifugeuse…);
Plateforme :Datacentre IT and Scientific Computing (DISC)
Cluster de calcul bioinformatique 120 CPU-CORES, 2,2 TFLOPS
Cluster de calcul chimioinformatique 248 CPU-CORES, 4 TFLOPS
Cluster de virtualisation et de visualisation 3D 1,2 TFLOPS
Station de sauvegarde HPFS – NAS redondant 2×144 TO en réplication active/active Service de distribution de fichiers en ligne HPFS – NAS redondant 2×20 TO en réplication active/active
Routeur, Network Data Commutator 10 Go point à point ;
Plateforme Nanobodies :
PCR, 3 hottes à flux laminaire pour l’affichage des phages, 2 hottes à flux laminaire pour la culture cellulaire, micro-incubateurs pour 15 plaques de microtitration, Tecan Infinity M1000, cytomètre en flux (3 lasers, 8 couleurs), système de purification AKTA, fermenteur 15 L;
Plateforme microscopie et imagerie scientific :
Microscope confocal LSM 510 META (Zeiss)
Un microscope à lumière structurée à fluorescence – type Apotome (Zeiss) avec une caméra couleur pour les échantillons colorés
2 microscopes à fluorescence time-lapse (Zeiss-Roper Scientifics).
Un microscope confocal multipoints avec un « spinning disk », un système FRAP, FLIP, Phot-Activation, capable de fonctionner en mode TIRF.
Métamorphe
Huygens (déconvolution 3, 4 et 5D) dans un réseau accroché à un cluster de calcul.
Imaris (reconstruction et analyse d’images en 3, 4 et 5D)
ImageJ (analyse d’images)
Logiciel MATLAB dans un réseau connecté à un cluster;
Plateforme : Histo-pathologie experimentale
2 robots d’histologie Ventana (Roche) Discovery XT, 1 robot d’histologie Thermoscientific 480S, 1 déparaffineur PTLink DAKO, 1 déparaffineur MicromFrance PT1057T0905, 1 microtome MicromFrance HM340E, 1 microtome Leica RM2235, 1 Cryostar NX70 MicromFrance Cryostatica, 1 Cryostat, 1 CM3050S Leica Leica CryoJane1373, 1 Vibromasseur Leica VT1200S, 1 Congélateur Liebherr MODELE KP 4220-21 -20°C, 1 Congélateur thermoscientifique HFU 300TV -80°C, 1 Plaque Froide LP60 MicromFrance, 1 Déplieur MicromFrance DiaPath, 2 Réfrigérateurs Liebherr, 1 LED Nikon CIL microscope, 1 microscope double tête Nikon CIL LED, 1 Leica Autostainer XL, 1 dispositif de déshydratation Leica ASP300/ASP300S, 1 station d’inclusion de paraffine Leica EG 1150 C/H, 1 hotte chimique MicromFrance, 1 Excilone Snapfrost2, 1 minicore Excilone tissue arrayer, 1 dérouleur de tissus Alphelys;
Plateforme Laboratoire de transgénèse et cryoconservation :
Une hotte à flux laminaire et un incubateur à CO2 pour la culture de cellules ES et d’embryons.
Une station d’injection de cellules ES composée d’un microscope inversé couplé à 2 micromanipulateurs et 2 micro-pompes, 2 loupes binoculaires dont une équipée d’une plaque chauffante.
Un congélateur programmable pour la congélation d’embryons.
Divers petits équipements (étireur et broyeur de micropipettes en verre, étiqueteuses et scelleuses pour pailles).
Une hotte de change et un rack de 80 cages ventilées individuellement.
Deux conteneurs d’azote liquide répartis sur 2 sites indépendants pour les stockages de paille;
Plateforme PIC Plateforme Immunomonitoring en Cancérologie:
Pièces de culture cellulaire (L1, L2), Zone surveillée CR
51, Cytomètre en flux FacsCantoII, Automate pour préparation des anticorps, CTL, ELISpot, Bioanalyseur Agilent;
Plateforme TrGET Preclinique :
Laboratoire L2, Automate de préparation et distribution 96
puits; Luminomètre, Suite robotisée de
préparation/distribution/Analyse, Système imagerie
optique intravitale petit animal, Irradiateur RX;
Plateforme MaP Marseille Protéomique:
Spectromètres, Séquenceur N ter, Robots de sprayage, Chaines de nanochromatographie, Cryotome;
– Animalerie (300 m2):
* two A2 accommodation areas with a capacity of 1500 cages
* an experimentation area with a capacity of 600 cages
* a transgenesis area
* a laboratory equipped with a bioluminescence and intra-vital fluorescence system (Photon Imager, BioSpace Lab) with respective accommodation capacities of 200 cages.
– DoSynth:
* Automated Synthesizer (Chemspeed)
* Automatic flash Chromatography (Bôuchi)
* LC-MS (Agilent)
* Analytical HPLC (Agilent)
* Semi-preparative HPLC (Agilent)
* 400 MHz NMR Spectrometer (Bruker)
– HiTS:
* small volume acoustic dispenser (Echo550)
* an in line automated centrifuge
* an automated plate sealer
* a multimodal plate reader (fluorescence, absorbance, luminescence).
– CRB (Centre de Ressources Biologiques)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Protein degradation, Ubiquitin, Proteasome, Ubiquitin Ligase, Cullin-RING Ubiquitin Ligases (CRLs), KEAP1, NRF2, KRAS, Lung Cancer, Non-Small Cell Lung Cancers (NSCLCs), heme, heme signaling, oxidative stress, metastasis, proteomics, transgenic mouse,
Date de mise à jour :