Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM)

Thématique(s) : Santé et sciences de la vie

Directeur(s) / Chef(s) : Laurent KODJABACHIAN

Adresse : 163 Av. de Luminy, 13009 Marseille

Site internet : http://www.ibdm.univ-mrs.fr/fr/


Pôle / Axe #1 :

Equipe de recherche :

Signalisation dans les cellules souches et tumorales

Expertises :

Notre recherche a deux objectifs majeurs :
1) Découvrir de nouveaux mécanismes coopératifs qui contrôlent l’évolution de cellules normales vers la tumorigenèse.
2) Découvrir l’impact de nouveaux mécanismes de régulation de la biologie des cellules souches en vue de leur utilisation en médecine régénérative.

Ressources :

Techniques : culture et différenciation hiPSC; biochimie; imagerie in vitro; tomographie pour imagerie longitudinale in vivo; ciblage génique in vivo; transplatation de dérivés hiPSC dans des modèles animaux de maladies neurodégénératives; analyse comportementale; traitement de transplantation; histologie; systèmes in vitro pour l’évaluation et le dépistage des médicaments;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : signalisation, cellules souches, mécanismes de signalisation cellulaire, génétique et développement de la souris, tumorigenèse, biologie des cellules souches, neurosciences, neurobiologie, cancer, régulation génique, cellule souche, contrôle transcrptionnel, mus musculaire,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #2 :

Equipe de recherche :

Polarisation et décisions binaires au sein du système nerveux

Expertises :

Nous cherchons maintenant à établir :
– Nous analysons actuellement comment ces ligands Wnt polarisent les progéniteurs neuronaux en utilisant des techniques d’imagerie in vivo avancées avec une résolution en molécules uniques.
– Nous analysons comment la voie Wnt/β-caténine est connectée au programme de différenciation terminale des neurones et nous avons identifié un nouveau mode d’action pour TCF, le facteur de transcription clé de la voie Wnt.

Ressources :

monomolécule FISH; imagerie direct; imagerie quantitative;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Caenorhabditis elegans, génétique, CRISPR, monomolécule FISH, imagerie direct, imagerie quantitative, division asymétrique, signalisation Wnt,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #3 :

Equipe de recherche :

Contrôle moléculaire de la neurogenèse

Expertises :

Nous étudions le rôle des différentes voies de signalisation dans le développement du gliome et utilisons des stratégies expérimentales innovantes pour identifier le rôle précis des microARN dans le cancer.
Nous étudions le rôle de ce “développement continu” et analysons la contribution des différents sous-types de neurones à la perception et au calcul des odeurs.
Nous développons de nouveaux outils et stratégies pour étudier ces interactions dans le cerveau vivant.

Ressources :

électroporation cérébrale in vivo; neuroanatomie; imagerie cérébrale in vivo; microscopie en feuillet optique; cultures organotypiques; culture cellulaire; analyses/séquençage d’expression génique; techniques d’analyse de microARN;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Transgénèse de souris, électroporation cérébrale in vivo, neuroanatomie, imagerie cérébrale in vivo, microscopie en feuillet optique, biologie moléculaire, cultures organotypiques, culture cellulaire, analyses/séquençage d'expression génique, techniques d'analyse de microARN, neurogène,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #4 :

Equipe de recherche :

Cellules souches et réparation du système nerveux adulte

Expertises :

L’équipe s’intéresse aux processus de plasticité post-lésionnelle mis en jeu suite à une atteinte de la myéline.
Notre objectif et de décrypter les mécanismes cellulaires et moléculaires qui sous-tendent la mobilisation des cellules endogènes afin de mieux décrire le processus régénératif et d’ouvrir la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Génétique de souris, culture de cellules primaires, chirurgie cérébrale, stéréotaxie, modèles de souris de démyélinisation, seq d'ARN unicellulaire, Immunohostologie, hybridation in situ, RTPCR, Histologie, biologie cellulaire, cerveau, myelie, neurogénèse, oligodendrocyte, plasticité cérébrale

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #5 :

Equipe de recherche :

Développement et pathologies des circuits neuromusculaires

Expertises :

Génétique de la souris; compétences en soins des animaux; dissection; Réseau de gènes et régulation;

Ressources :

Microscopie optique et confocale (Fix, embed, coloration et coupe d’échantillons); Histologie (coupes congelées et en paraffine); coloration (immunohistochimie, hybridation in situ); qRT-PCR;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : génétique de la souris, compétences en soins des animaux, dissection, Réseau de gènes et régulation, Microscopie optique et confocale (Fix, embed, coloration et coupe d'échantillons), Histologie (coupes congelées et en paraffine), coloration (immunohistochimie, hybridation in situ), qRT-PCR; Biologie Moléculaire, Biologie Cellulaire, analyse de restriction, électrophorèse sur gel, Culture primaire de neurones de cerveau de souris, Cultures cellulaires basiques,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #6 :

Equipe de recherche :

Interactions cellulaires, neurodégénérescence et neuroplasticité

Expertises :

Acquérir de nouvelles connaissances sur l’organisation anatomique et fonctionnelle des ganglions de la base et leurs réorganisations en condition pathologique.
Identifier des acteurs moléculaires impliqués dans les mécanismes de mort neuronale ou de défense contre le stress cellulaire qui pourraient représenter de nouvelles cibles pour des stratégies de neuroprotection.
Identifier des cibles anatomiques pour le traitement neurochirurgical par stimulation cérébrale profonde et d’évaluer le potentiel neuroprotecteur de cette approche thérapeutique.

Ressources :

Modèles rongeurs : optogénétique, stimulation cérébrale profonde, lésion sélective ; outils analytiques : électrophysiologie en coupe et in vivo, traçage neuronal, approches quantitatives morphofonctionnelles, microdialyse in vivo, tests comportementaux; Génétique et imagerie dans les modèles de drosophile;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Modèles rongeurs : optogénétique, stimulation cérébrale profonde, lésion sélective, outils analytiques : électrophysiologie en coupe et in vivo, traçage neuronal, approches quantitatives morphofonctionnelles, microdialyse in vivo, tests comportementaux, Génétique et imagerie dans les modèles de drosophile, ganglions de la base, malade de Parkinson, neuroplasticité, neuroscience,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #7 :

Equipe de recherche :

Plasticité axonale dans le développement et le cancer

Expertises :

Nous étudions la plasticité neuronale dans des modèles murins d’adénocarcinome canalaire du pancréas (ADKP)

Ressources :

Nettoyage des tissus et microscopie à fluorescence; analyse 3D de l’architecture du réseau neuronal; traçage axonal; cultures neuronales; mécanismes moléculaires du guidage axonal (signalisation des récepteurs, trafic, ARN non codants);

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Nettoyage des tissus et microscopie à fluorescence, traçage axonal, cultures neuronales, mécanismes moléculaires du guidage axonal (signalisation des récepteurs, trafic, ARN non codants), cancer, guidage axonal, microenvironnement tumoral, neurones,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #8 :

Equipe de recherche :

Plasticité des cellules souches neurales

Expertises :

Nous essayons de déchiffrer comment un programme génétique, régi par une série de facteurs de transcription exprimés de manière séquentielle, connue sous le nom de « série temporelle », est déployé dans toutes les cellules souches neurales afin d’assurer la génération des différents types de neurones au fil du temps.
Nous étudions l’impact des conditions nutritionnelles sur la fabrication du cerveau.
Nous explorons les mécanismes qui sous- tendent la tumorigenèse et la cancérisation dans le cerveau de la drosophile.

Ressources :

RNA-seq unicellulaire; ATAC-seq; immunostaing; microscopie confocale;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Génétique, drosophile, RNA-seq unicellulaire, ATAC-seq;, immunostaing, microscopie confocale, cancer, cractère souche, developpement cerveau, drosophila melanogaster, identité neuronale, régulation génique, voie de signalisation cellulaire, tumorigénèse,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #9 :

Equipe de recherche :

Douleur chronique: Mécanismes moléculaires et cellulaires

Expertises :

Elaboration d’une stratégie visant à élargir la caractérisation moléculaire du système nociceptif par l’identification de nouveaux facteurs exprimés dans des sous-ensembles spécifiques de neurones se situant dans le ganglion spinal. Pour chacun de ces marqueurs neuronaux nouvellement identifiés, un modèle de souris de pointe est conçu.

Ressources :

Electrophysiologie; criblage à haut débit;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Génétique de la souris, biologie moléculaire, biochimie, comportement, électrophysiologie, criblage à haut débit, circuits neuronaux, comportement, mus musculus, souris transgénique, neurogénèse,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #10 :

Equipe de recherche :

Réponse immunitaire et développement chez la Drosophile

Expertises :

Notre laboratoire tire parti de la puissance de la génétique de la drosophile pour disséquer au niveau moléculaire les mécanismes par lesquels les neurones détectent le PGN et comment cette interaction se traduit par des changements de comportement pour l’hôte.
Notre objectif est d’utiliser les dernières technologies en matière de génétique, d’imagerie et de bio-informatique pour identifier les acteurs et les réseaux moléculaires qui régissent ce dialogue particulier entre procaryotes et procaryotes.

Ressources :

imagerie calcique; imagerie in vivo;

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : génétique drosophile, enregistrement du comportement, imagerie calcique, imagerie in vivo, PNG, maladie de Crohn, CRISPR/Cas9,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #11 :

Equipe de recherche :

Biologie Computationelle

Expertises :

Nous travaillons sur l’intégration de données à grande échelle à partir de différentes ressources afin d’en extraire l’information biologique significative. Nous utilisons principalement les données NGS qui intègrent des données d’expressions différentielles (ChiP-seq ; interactome) dans le but de fournir aux biologistes de nouvelles hypothèses à tester. Pour ce faire, nous développons des méthodes d’intégration de données qui sont faciles d’utilisation pour les non- experts.
MitoXplore – comprendre la fonction mitochondriale dans un contexte développemental ou pathologique
AnnoMiner – l’intégration des données de ChIP-seq

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : MitoXplorer, HH-MOTiF, morFeus, AnnoMiner, ChIP-seq; biologie computationnelle, NGS, système mitochondrial, mitochondrie, séquence protéique, structure tridimensionnelle des proteines,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #12 :

Equipe de recherche :

La dynamique musculaire

Expertises :

Nous étudions les muscles de la drosophile adulte, en particulier les muscles du vol pour imager la jonction muscle-tendon et la myofibrillogenèse chez les animaux en cours de développement.
nous étudions le mécanisme d’épissage alternatif spécifique pour chaque type de fibre ainsi que l’impact individuel des composants régulés dans l’assemblage des myofibrilles et dans la biomécanique musculaire.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : drosophile, muscle, muscle-tendon, fibre, myofibrille, biomécanique musculaire, myofibrillogenèse, myotubes, sarcomères, Spalt, ARN Arrest,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #13 :

Equipe de recherche :

Principes Physiques et Moléculaires de l’Organisation du Cytosquelette

Expertises :

Notre équipe a deux objectifs principaux.
Notre premier objectif est de comprendre comment les cellules eucaryotes contrôlent l’assemblage d’un cytosquelette organisé (principalement les microfilaments d’actine). Notre second objectif est de comprendre comment les différentes structures d’actine sont recyclées et renouvelées en fonction des besoins de la cellule.
Nos approches sont multidisciplinaires, utilisant des outils issus de la physique et de la chimie pour répondre à des questions biologiques fondamentales.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : eucaryote, cytosquelette actine, actine, voie de signalisation,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #14 :

Equipe de recherche :

Réseaux de régulation transcriptionnels impliqués dans le développement normal et les maladies

Expertises :

Notre laboratoire vise à comprendre les mécanismes qui contrôlent le développement normal et comment leur dérégulation provoque des maladies, avec un intérêt particulier pour les troubles du spectre autistique.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : developmment cérébral, spectre autistique, TSHZ3, 19q12DS, comportement social, circuits corticostriés, musculaire, régulation génique,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #15 :

Equipe de recherche :

Mécanismes de régulation des gènes par des facteurs de transcription

Expertises :

La première direction de recherche vise à caractériser les nouveaux processus cellulaires contrôlés par les protéines Hox.
Le deuxième axe de recherche vise à comprendre comment les protéines Hox fonctionnent au niveau mécaniste, y compris dans des situations où elles agissent de manière paralogique et non spécifique.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Hox, facteur de transcription, cofacteurs de la classe PBC, processus cellulaire,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #16 :

Equipe de recherche :

Contrôle génétique du développement cardiaque

Expertises :

Notre groupe étudie comment différentes populations de cellules progénitrices contribuent à la diversité spatiale et fonctionnelle des cardiomyocytes dans le cœur de souris.
Notre projet de recherche se concentre sur la régulation génétique, la nature épithéliale et le comportement dynamique des cellules du SHF dans l’embryon précoce.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : organogénèse, maladies congénitales, embryon, cœur, malformation cardiaques congénitales, SHF, cellules progénitrices, cardiomyocyte, mésoderme pharyngien, myocarde auriculaire, approche transcriptomique, TBX1, délétion 22q11.2, TBX5, muscles squelettiques branchiométriques, système conduction ventriculaire, signal électrique,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #17 :

Equipe de recherche :

Biologie des épithéliums ciliés

Expertises :

Notre équipe étudie les étapes suivantes :
La spécification des différents types cellulaires présents dans l’épiderme embryonnaire.
L’insertion des précurseurs des cellules ciliées dans la couche épithéliale de surface.
La différenciation des cellules ciliées.

Nous focalisons notre attention sur les rôles joués par les voies de signalisation et les microARNs, puisque les premières contrôlent souvent les destinées cellulaires alors que les seconds contrôlent souvent les transitions développementales et la différenciation.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : biologie cellulaire, ciligénèse, différenciation cellulaire, embryologie, épiderme, épithélium mucociliaire, inductions embryonnaires, microARNs, morphogénèse, xénopode,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #18 :

Equipe de recherche :

Polarité cellulaire et morphogenèse des épithéliums

Expertises :

Notre projet a pour but de comprendre les mécanismes qui contrôlent l’organisation polarisée des cellules épithéliales et le rôle des complexes de polarité dans l’acquisition et le maintien de cette organisation. Nous nous intéressons en particulier au rôle du cytosquelette subapical et à l’évolution de cette organisation dans la branche des métazoaires. A long terme, ces études nous permettrons de mieux comprendre comment ces mécanismes sont apparus lors de l’évolution des animaux et comment la dérégulation de cette organisation des couches épithéliales est perturbée lors des processus de cancérisation par exemple.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : structure épithéliale, ciligénèse, cilipathies, complexe crumbs, complexes de polarité, drosophilia melanogaster, intestin, morphogénèse, organoides intestinaux, xénope, CRB1, maladie des inclusions microvillositaires, débrine, actine,

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #19 :

Equipe de recherche :

Architecture et dynamique des tissus épithéliaux

Expertises :

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs :

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #20 :

Equipe de recherche :

Approches physiques de la dynamique cellulaire et de la morphogénèse des tissus

Expertises :

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs :

Date de mise à jour :


Pôle / Axe #21 :

Equipe de recherche :

Evolution et développement de la morphologie et du comportement

Expertises :

Pour étudier l’évolution de la forme et des comportements chez nos espèces de Drosophile, nous utilisons des approches de génétique, de génomique, de transgenèse, d’imagerie, et d’analyse des circuits de neurones, et ceci dans une approche comparative entre espèces.
– Formation et évolution des motifs de coloration.
– Evolution de la morphogenèse épithéliale.
– Evolution du choix de site de ponte.

Ressources :

Projets majeurs :

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

Mots clefs : Drosophila suzukii, circuits neuronaux, morphogénèse, comportement, mécanisme génétique,

Date de mise à jour :