Institut de Biosciences et Biotechnologies d’Aix-Marseille (BIAM)

Pôle / Axe #1 : N/A

Equipe de recherche :

EBM

Expertises :

Comprendre et identifier les mécanismes photosynthétiques de conversion et de stockage de l’énergie lumineuse par des microalgues ou cyanobactéries régulateurs

Ressources :

Analyse des lipides et lipidomique
Chromatographie en phase gazeuse couplée à un spectromètre de masse et/ou un détecteur à ionisation de flamme (GC-MS/FID) : 1 GC-MS (TRACE-DSQ Thermo), 1 GC-MS/FID avec préparation automatique des échantillons (Agilent), 1 GC-MS/FID (Agilent) avec thermodésorbeur (Gerstel);
Chromatographie sur couche mince haute performance (HPTLC) : 1 Camag TLC autosampler 4;
Chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (UPLC-MS/MS) : 1 QTOF (Triple TOF 5600 AB SCIEX), 1 Orbitrap (Q Exactive Thermo);
Analyses des échanges gazeux (O2, CO2, H2) par MIMS (Membrane Inlet Mass Spectrometry):
2 Spectromètres de masse;
1 analyseur quadripolaire PrismaPlus (Pfeiffer Vacuum);
1 analyseur de secteur magnétique Prima dB (Thermo Scientific);

Photobioréacteurs – PBRs:
4 bioréacteurs autoclavables d’un volume de 1 litre (BIOSTAT® Aplus, Sartorius Stedim Biotech);

Techniques biophysiques:
1 Dual Pam-fluorimètre de la chlorophylle;
1 Spectrophotomètre JTS10 ;

Pôle / Axe #2 : N/A

Equipe de recherche :

IPM

Expertises :

Étude de la réponse cellulaire et les mécanismes de tolérance à l’uranium chez des souches isolées de sols riches en radionucléides par une approche pluridisciplinaire alliant biologie moléculaire, biochimie, génomique, protéomique et biophysique;
Étude des mécanismes de séquestration des alcalino-terreux (en particulier le calcium et le strontium) par une bactérie photosynthétique et son potentiel en bio-remédiation;
Étude du rôle des bactéries dans le transfert de l’uranium aux plantes;
Étude de la toxicité des radionucléides sur des modèles humains;
Étude des déterminants de l’interaction entre cations métalliques et protéines;
Comprendre les mécanismes de toxicité par compétition avec des cations métalliques biologiques;
Développer des protéines affines et sélectives pour la bio-détection ou la bio-remédiation de toxiques métalliques;

Ressources :

1 spectromètre de masse « micro TOF-Q » (Bruker) de géométrie hybride type Q-TOF (quadripole – Time Of Flight) doté d’une source electrospray (ESI);
1 spectroscopie IRTF en mode de réflexion totale atténuée couplée à a la micro-dialyse;

Pôle / Axe #3 : N/A

Equipe de recherche :

LEMIRE

Expertises :

Étude des interactions « hôte-microbiote-environnement abiotique » dans le cadre de pollutions anthropiques, métaux (DUNE, PRIMARy), ou de l’amélioration de la santé des plantes (ENHANCE, InSTep) et des forêts;
Comprendre comment les propriétés des nanomatériaux modulent leurs interactions avec le système plantes-sol-microbiote (ANALOGY), permettant de développer des nanotechnologies pour l’agriculture (InSTep) et la reforestation (RESTORE) par une approche de Safer-by-Design;
Étude des représentations sociales des nanomatériaux par les professionnels de l’agriculture et de la gestion des forêts (RESO-Nano);
Étude de rôle des ARN non-codants régulateurs et des vésicules extra-membranaires dans l’interaction de Pseudomonas brassicacearum avec les plantes et d’autres microorganismes et dans la réponse aux stress environnementaux;
Étude de l a biologie des intéractions plantes-bactéries au niveau de la rhizosphère;

Ressources :

Souchier de microorganismes caractérisé au niveau génotypique : souche de bactéries environnementales;
Bio-informatique : programme, analyse des génomesdes souches ;

Pôle / Axe #4 : N/A

Equipe de recherche :

LGBP

Expertises :

Étude de la dynamique des photosynthèses;
Étude de la signalisation des stress dans et en dehors du chloroplaste;
Régulation de la croissance par les voies de signalisation de l’énergie;
Élucidation du rôle physiologique et des mécanismes moléculaires de la signalisation ppGpp;
Identifier de nouvelles composantes de la voie de signalisation TOR chez les plantes (en particulier la plante modèle Arabidopsis thaliana) afin de comprendre comment cette voie de signalisation ancestrale a intégré des spécificités des plantes;
Comprendre la modulation de signalisation des algues peut améliorer la productivité en Triacylglycérols (TAG), des lipides de réserve précurseurs de biocarburants;

Ressources :

Chambres de culture à environnement contrôlé( culture des plantes à sol, mousses, algues et bactéries photosynthétiques);
Fluorimètre de type PAM 100/F -modèle FC 800-O: mesurer la fluorescence de la chlorophylle, utilisables sur tissues entiers (plantes) ou préparation en solution (chloroplastes,algues,bactéries);
Fluorcam FC 800-C: longueur d’onde de la source de lumière varie entre 455 et 735 nm

Pôle / Axe #5 : N/A

Equipe de recherche :

MEM

Expertises :

Comprendre les mécanismes associés au métabolisme des métaux essentiels;
Comprendre les procédés de bio-minéralisation microbiens;
Étude des réponses aux stress radiatifs sur les microorganismes radio-résistants;
Décrypter les mécanismes moléculaires qui confèrent aux Déinocoques une résistance extrême aux radiations et aux stress qui endommagent l’ADN ;
Comprendre comment les Déinocoques résistent aux radiations peut conduire à une meilleure compréhension de ce type de résistance chez d’autres organismes ou cellules;
Étude la diversité des microorganismes formant les bio-minéraux, la capacité des microorganismes à naviguer efficacement dans des environnements complexes et les mécanismes conduisant aux formations de bio minéraux au sein de ces organismes;
Comprendre les rôles joués par les microorganismes dans les cycles biogéochimiques et pour le climat;
Comprendre les micro-nageurs biologiques et le développement de micro-nageurs efficaces pour diverses applications;

Ressources :

Plateforme PROTEINTEC:

Système FPLC Äkta Pure
3 purificateurs Äkta
3 FPLC Äkta
MicroCal iTC200
Robot de pipetage TECAN evolution

Pôle / Axe #6 : N/A

Equipe de recherche :

P&E

Expertises :

Étude du processus d’acclimatation à la lumière chez les organismes photosynthétiques en utilisant la génétique moléculaire et le phénotypage comparatif;
Comprendre du mécanisme d’activation de la kinase Stt7 par le cytochrome b6f;
Comprendre l’acclimatation de la photosynthèse à l’environnement;

Ressources :

Plateforme Phytotec:
1 phytotrons et 2 phytotrons in vitro;
Chambres de culture/mesure en conditions contrôlées;
Chambre de culture et phénotypage en réponse à un climat dynamique;
Spectromètre à fluorescence Cary Eclipse (fluorescence, phosphorescence, luminescence et phosphorescence résolue dans le temps,mesures à basse température azote liquide);
fluorimètre de type PAM (modèle dual PAM 100/F, WALZ) ;
système d’imagerie vidéo de fluorescence (modèle Fluorcam FC 800-O ; Photon System Instruments), par camera CCD;

Pôle / Axe #7 : N/A

Equipe de recherche :

PPV

Expertises :

Étude de la fonction d’enzymes clés qui contrôlent la défense stomatique;
Étude des rôles physiologiques des réductases à thiol, enzymes contrôlant l’état redox de partenaires protéiques, dans les réponses des végétaux aux variations de l’environnement;
Caractérisation du rôle protecteur de l’appareil photosynthétique exercé par les lipocalines;

Ressources :

Pôle / Axe #8 : N/A

Equipe de recherche :

SAVE

Expertises :

Comprendre les mécanismes contrôlant les flux hydriques et l’absorption des nutriments et leur signalisation;
Architecture de la racine des plantes et leur capacité à capter ou exclure certains polluants;
Caractérisation fonctionnelle des H+-ATPases de la membrane plasmique et impacts sur l’homéostasie ionique végétale

Ressources :

Microscope Confocal Zeiss LSM780
Imagerie confocale et spectrale en fluorescence
Technologies associées :
Imagerie 3D
FCS
FRET
Imagerie spectrale
Fluorescence et contraste DIC
Source d’illumination observation champ plein aux oculaires:
lampe HXP100 cubes observation pour fluorescence: DAPI, GFP, Cy3
Sources d’excitation mode confocal:
Laser 405
Laser Argon (458, 488, 514nm)
DSSP 561nm
Laser Helium/Neon 633nm
Détecteurs:
2 PMT fluorescence
1 multi-PMT (32 détecteurs GaAsP) détecteur spectral
1 PMT transmission;

Microscope Leica LMD6000
Imagerie, mesure en lice & microdissection laser
Technologies associées :
Microdissecteur laser
Source d’illumination observation champ plein aux oculaires:
lampe HXP100
cubes observation pour fluorescence: DAPI, GFP, DsRed, sur demande: possibilité de mettre en place d’autres cubes de filtre
cubes pour microdissection: DAPI, GFP, CY3, Alexa Fluor
Caméra: Leica DFC7000TMesures multiples sur des images en live;

Microscope Olympus Luminoview LV200
Luminescence en haute résolution;
Microscope Axioobserver Z1 Zeiss
Imagerie micro en fluorescence, avec illumination structurée
Technologies associées :
Apotome
Imagerie 3D
Fluorescence et contraste DIC
Luminescence en haute résolution

Microscope Axiozoom V16 Zeiss
Imagerie macro en fluorescence, avec illumination structurée
Technologies associées :
Image grand champ, mosaïque
Imagerie 3D
Fluorescence
Apotome (illumination structurée)
Photo Couleur camera Sony;

Vibratome Leica VT1200S
Coupe sur échantillons biologiques mous;
Ultramicrotome Leica EM UC7
Sections semi-fines et ultrafines d’échantillons biologiques;