Thématique(s) : Environnement
Directeur(s) / Chef(s) : Catherine FERNANDEZ
Adresse : ST JEROME 52 Avenue Escadrille Normandie Niemen 13013 Marseille
Pôle / Axe #1 : N/A
Equipe de recherche :
BEC, Biotechnologie environnementale et chimiométrie
Expertises :
Les thématiques de recherche s’inscrivent dans l’interdisciplinarité des approches pour répondre à une problématique émergente, l’écologie de l’alimentation. Cette problématique extrêmement complexe est en lien fort avec l’écologie, les changements globaux et technologiques et inclut la biodiversité comme réservoir d’innovation. Nos thématiques, ancrées dans la notion de santé environnementale, visent à soutenir l’évolution de la nutrition et des pratiques agricoles dans une logique de conservation environnementale. Elles s’inscrivent dans le 4e plan national santé-environnement préconisé par le gouvernement en proposant des solutions pour (i) améliorer les modes de production pour une alimentation durable avec des outils du biocontrôle (Projets Alcove, Lifofer), (ii) identifier et traiter les polluants (iii) valoriser ou mieux gérer des agro-déchets. Son expertise dans le domaine de la caractérisation et l’authentification des origines variétales et géographiques contribue à une dynamique de formation participative des différents acteurs locaux et constitue une aide pour répondre à l’un des enjeux de l’agroécologie : nourrir une population croissante tout en préservant la biodiversité des ressources naturelles et en tenant compte des facteurs environnementaux.
Ressources :
- 2 Spectromètres MIR
- Spectromètre NIR
- Raman
- Chromatographie GC
- Chromatographie HPLC
- UV
- Bioréacteurs
Projets majeurs :
- ANR LICOCO (2023-2026) dans le cadre de l’AAP-ANR Chlordécone en cours d’analyse
- ALCOVE
- Arbiozome
- Plant olive AMU
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
- CIFRE
- Prestation
- Recherche partenariale
Mots clefs : Écologie de l’alimentation, chimiométrie, chimie analytique.
Date de mise à jour : 22/08/2023
Pôle / Axe #2 : N/A
Equipe de recherche :
BES, Biomarqueurs, Environnement, Santé
Expertises :
Comprendre les mécanismes moléculaires, cellulaires, métaboliques et physiologiques élaborés par les organismes et/ou l’Homme pour faire face aux contraintes environnementales
Comprendre et caractériser les impacts en tenant compte des facteurs biotiques
Décrire et expliquer les effets observés eco-toxicologiques observés pour comprendre les mécanismes d’action liés aux dangers et définir les risques dans des contextes d’exposition environnementale
Réaliser des analyses en laboratoire, en expérimentation animale limitée (ex : mésosomes, microcosmes) et en conditions réelles sur le terrain
Etude de l’impact des pratiques agricoles sur les organismes non cibles pour améliorer les connaissances sur la sensibilité des espèces les fonctions physiologiques et les voies métaboliques
Étude du stress génotoxiques incluant les réponses éco génotoxiques, induits par les expositions iatrogènes, particulaires, et/ou chimiques, en identifiant les mécanismes d’action directe et les mécanismes secondaires à des réponses inflammatoires ou oxydatives sur des cellules et/ou tissus somatiques et germinaux
Analyse des conséquences sur la santé du stress oxydatif et de l’inflammation
Étude des processus biologiques ou moléculaires impliqués dans les effets des polluants chimiques (en mélanges, en faibles doses)
Evaluation des risques environnementaux et développement de biomarqueurs ou bioindicateurs en santé écologique et humaine
Diminution de l’exposition aux pollutions et développement d’alternatives aux substances pharmaco- ou cosmétologiques
Participation aux approches intégrées reliant santé écologique et humaine
Développement de nouvelles molécules actives issues de la chimie, de biotechnologies, ou de la biodiversité
Développement des modèles d’expérimentations permettant de documenter les effets génotoxiques des agents chimiques, particulaires ou physiques sur les tissus impliqués dans les fonctions de reproduction chez l’Homme.
Ressources :
- Autoclave
- PSM II
- 2 incubateurs CO2
- Lecteurs de plaque
- Microscope à fluorescence
- Microscope optique
- Loupes binoculaires
- Cuves électrophorèses (test des comètes)
- Rotavapor
- Lyophilisateur
- Rhéomètre
- Nanosizer Granulomètre laser
- Texturomètre
- Mesure indice de protection solaire in-vitro
- Enceinte climatique thermostatée
- Centrifugeuses préparatives, Ultracentrifugeuse
- Chambre thermostatée 5-40°C) avec cycle jour/nuit
Projets majeurs :
Projet ANR LICOCO (2023-2026, IMBE partenaire) dans le cadre de l’AAP-ANR Chlordécone en cours d’analyse
Projet ANR Ulva lactuca (2022-2025)
TITANS (Horizon Europe HEUR – 2022 – 2025)
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
- CIFRE
- Prestation
- Recherche partenariale
Mots clefs : Ecotoxicologie, toxicologie génétique, polluants, environnement et santé, exposome, faibles doses, perturbations endocriniennes, reprotoxicité, dermocosmétique.
Date de mise à jour : 22/08/2023
Pôle / Axe #3 : N/A
Equipe de recherche :
DFME, Diversité et Fonctionnement : des Molécules aux Ecosystèmes
Expertises :
Interactions biotiques et fonctionnement des écosystèmes marins, littoraux et continentaux
Relations plantes-sol-herbivores, plantes-pollinisateurs, faune-microbiote du sol
Taxonomie des organismes du sol
Interactions entre changements globaux et dynamique des systèmes socio-écologiques locaux
Restauration des écosystèmes ; approches fonctionnelles et bioculturelles de la restauration et de la conservation
Ecologie et gestion forestière
Ecologie marine
Phylogéographie
Relation biosphère-atmosphère : pollution atmosphérique
Espèces exotiques envahissantes (invasions biologiques) marines
Biodiversités terrestres et marines ; connaissance des organismes (distribution spatiale et temporelle, métabolisme et physiologie) pour la conservation des milieux
Chimie des substances naturelles et description de la chimiodiversité à travers la caractérisation des métabolites issues des plantes, organismes marins et microorganismes (connaissance approfondie des différentes classes chimiques de métabolites spécialisés et potentiellement bioactifs)
Valorisation eco-responsable des substances naturelles : évaluation des propriétés biologiques des métabolites potentiellement bénéfiques pour la santé humaine par une approche soit ethnopharmacologique soit d’écologie chimique
Contrôle qualité et réglementation : mise au point et validation de méthodes de dosages des métabolites spécialisés dans les plantes, élaboration de fiches de spécification et d’analyses selon les référentiels réglementaires en vigueur en fonction du statut du produit fini
Ressources :
Service commun Ecologie chimique et métabolique (MALLABAR)
Service de Pharmacognosie-Ethnopharmacologie, Faculté de Pharmacie :
– Eco-Extraction : Extracteur micro-ondes (Mars X-press instrument, CEM) – Extracteur ultra-sons (PEX 05, REUS, France)
-Extraction sur phase solide (SPE, Autotrace) pour la concentration de molécules diluées à l’état de traces en milieux aqueux
– Purification de molécules : Chromatographie Flash, HPLC préparative, chromatographie de partage centrifuge
– Lyophilisateur, Speedvac (évaporateur concentrateur)
– Analyses par chromatographie : HPLC-DAD-SM, HPLC-ELSD, UHPLC-DAD
– Extraction et identification de la faune du sol (microfaune [Nematodes], mésofaune, macrofaune), profils cataboliques et enzymatiques microbiens, biomasse microbienne, analyses physico-chimiques des sols (P Oslen, N inorganiques, CaCO3, granulométrie, densité, porosité…)
Service commun Analyses Biologiques et chimiques : analyses élémentaires C et N
Service commun Dispositif expérimentaux
Projets majeurs :
ANR SONATA: New strategy in the diScOvery of Natural AntiTuberculosis Agents from French Guiana flora. AAPG 2022 ANR JCJC,(48 mois, 2022-2026)
ANR SESAM: Sponges Exométabolites as Source of AntiMicrobials AAPG 2020 ANR JCJC (48 mois, février 2021-2025)
PEPR EXPLORATOIRES, PROGRAMME FAIRCARBON: Drought ForC: Drought impacts on carbon stocks and fluxes in forest ecosystems: experiments and modeling (60 mois, 2023-2028).
H2020 HOLISOILS: Holistic management practices, modelling & monitoring for European Forest Soils (54 mois, 2021-2025).
REMEDE : Réseaux d’interactions et Multifonctionnalités Ecologiques : Développement et validation de deux approches complémentaires d’intégration environnementale pour une énergie photovoltaïque vertueuse (2022-2026).
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
- CIFRE
- Prestation
- Recherche partenariale
Mots clefs : Foresterie, Interactions biotiques, Pollution atmosphérique, Restauration écologique, Patrimoine, Ingénierie écologique, Conservation des milieux, Gestion des milieux naturels, Agroécologie, Ecosystèmes, Ethnoécologie, Ethnopharmacologie, Chimie des substances naturelles, Extraction et Eco-extraction végétale, Métabolomique, Déréplication.
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #4 : N/A
Equipe de recherche :
IRPNC, Ingénierie de la Restauration des Patrimoines Naturels et Culturels
Expertises :
Étude des règles d’assemblage et des processus de coexistence dans les communautés végétales et animales
Écologie et génétique des populations appliquées à la restauration écologique
Restauration des communautés végétales
Ingénierie écologique, pilotage d’espèces ingénieures des écosystèmes et création d’écosystèmes par bio-inspiration (toits éco-systématisés)
Restauration des services écosystémiques liés à ces interactions
Effets de la restauration sur la faune (arthropodes principalement)
Restauration de la biodiversité fonctionnelle dans les agrosystèmes
Ingénierie agro-écologique et contrôle biologique par conservation
Ré-ensauvagement, restauration passive
Réintroduction d’espèces
Adaptation locale et provenance des végétaux dans le cadre de la restauration écologique
Évaluation de l’opérationnalité des mesures de restauration
Étude des rôles des banques de graines dans la restauration écologique (qualité des graines, germination, installation/établissement)
Analyse du cadre réglementaire des obligations de compensation écologique et des obligations de réparation
Analyse du contentieux relatif aux évaluations environnementales
Articulation entre compensation écologique, compensation forestière et compensation collective agricole
Ingénierie de la restauration des œuvres d’art et de la conservation du patrimoine, archéométrie
Identification des marqueurs chimiques caractéristiques des matériaux naturels utilisés dans le domaine du patrimoine (notamment résines et colorants naturels)
Compréhension des mécanismes de dégradation thermique et photochimique des marqueurs chimiques identifiés
Analyse et caractérisation structurale de substances naturelles par diverses techniques chromatographiques et spectroscopiques
Développement d’approches métabolomiques ciblées et non ciblées
Ressources :
Serre IUT (mutualisée IMBE, IUT)
Enceinte climatique
Licor Quantum Sensor et Data Logger
Capteurs d’humidité du sol (Theta Probe)
Systèmes d’analyses chromatographiques (CLHP détection UV-Vis/Fluorimétrie, CPG/SM et CPG/SM/SM) et spectroscopiques (IR-TF, fluorimétrie, spectroscopie UV-Visible, colorimétrie)
Accès plateforme 3A d’Avignon Université : systèmes chromatographiques (UHPLC-QToF, UPLC-TQ, HPLC semi-préparative-MS, Pyr-GC-MS, GC-ToF, systèmes Combi-Flash) & analyses spectroscopiques (RMN 1D &t 2D, SM : MALDI)
Analyses microchimiques et microscopies (optique, polarisante)
Enceinte de vieillissement UV
Projets majeurs :
Partenariat avec ADEME, ECO-MED, CEFE et Total Quadran (projet ADEME PIESO, bourse de thèse ADEME Arnaud LEH’VIEN) : impact de la construction et de la conduite des centrales photovoltaïques sur la végétation et les organismes du sol. Restauration écologique de la biodiversité et de ses fonctions.
Partenariat avec ENGIE Green et l’Université de Tours, UMR CITERES, Caractérisation et amélioration des trajectoires écologiques dans les parcs photovoltaïques en France
Partenariat avec ECO-MED, INRAE, RTE (Réseau de Transport d’Electricité) via un projet France Relance : Restauration écologique des pelouses montagnardes dégradées par la construction d’une nouvelle ligne électrique en Haute Durance.
Partenariat avec plusieurs partenaires internationaux via le projet ERC « SCALED-Integrating processes across scales to understand and predict ecological dynamics in landscapes ».
Partenariat avec bureau d’études Naturalia-Environnement-Avignon : « Dynamique spatio-temporelle et effets des changements globaux sur les communautés de fourmis des petites îles et îlots méditerranéens ».
Partenariat avec l’Association Takh, Causse Méjean, Lozère : Restaurer ou ré-ensauvager les écosystèmes ? Le cas des pelouses sèches du Causse Méjean.
Partenariat avec la coopérative viticole Marrenon (Luberon) et six partenaires étrangers (Allemagne, Autriche, Hongrie) : aménagements écologiques (enherbement inter-rang) et résilience au changement climatique (Projet LIFE VineAdapt).
Partenariats et/ou prestations réalisées en lien avec le domaine du patrimoine auprès de divers musées (ex. : musée des Confluences, Lyon ; musée départemental d’Arles), organismes en lien avec le patrimoine (ex. : INRAP ; DRASSM ; Centre de conservation et de restauration du patrimoine, Perpignan) et communes.
Partenariat avec NGE et Tour du Valat (bourse de thèse + fonctionnement Manon HESS) : Résistance à l’invasion des communautés végétales établies après perturbation Rôle de la dynamique de colonisation et des effets de priorité.
Partenariat avec Gagneraud : Réhabilitation écologique d’écosystèmes dégradés par l’exploitation des carrières : faire avec, refaire ou laisser faire la nature ?
Partenariat (2017-2020, Cifre). Séquence ERC : intégration des fonctionnalités écologiques et des dynamiques de la biodiversité dans le processus de calcul de l’équivalence écologique.
Partenariat avec CNR-ONCFS (2015-2018). « Impacts de l’éco-pastoralisme (équins, bovins, caprins) sur les communautés végétales de trois sites constitués de digues artificielles de la Réserve de chasse et de faune sauvage de Donzère-Mondragon » entre 2015 et 2017.
Partenariat avec MEDDE, programme CarHab (2015-2018) : « Approche multi-scalaire de l’organisation des parcours sub-steppiques des Thero-Brachypodietea dans le sud-est de la France : apport à la compréhension des liens entre géocurtaséries et impacts anthropiques actuels et/ou passés ».
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
- CIFRE
- PME
Mots clefs : Restauration écologique, écologie végétale, agroécologie, entomologie, gestion des agrosystèmes, chimie analytique & métabolomique, archéométrie moléculaire, Résines & colorants naturels.
Date de mise à jour : 22/08/2023
Pôle / Axe #5 : N/A
Equipe de recherche :
OEB, Origine et Evolution de la Biodiversité
Expertises :
- Analyses de la biodiversité
- Monotoring et métabarcoding de la biodiversité (ADN environnemental)
- Eco/Evo/Devo
- Génétique fonctionnelle
- Génétique et génomique des populations
- Phylogénétique et phylogénomique
- Epigénétique
- Protéomique
- Analyse de l’expression des gènes, transcriptomique
- Microbiologie, biologie marine, biologie végétale
- Bioinformatique
Ressources :
Service commun Dispositifs Expérimentaux :
- Aquariums en eaux de mer en circuit continu et en circuit fermé (eau de mer synthétique)
Service commun de biologie moléculaire :
Plateau de Biologie moléculaire et cellulaire sectorisé
Secteurs : 2 salles pré-PCR, 1 salle ADN, 1 salle ARN, 1 ADNc, 2 post-PCR
Equipements :
Broyage : Tissue Lyser
Séchage : Speedvac
Dosages: Nanodrop One, QuBit3, BioAnalyzer,
Transilluminateurs UV (GelDoc XR+ Biorad, tables UV)
Western-Blot/transfert (cuve, générateur)
Imageur ChemiDoc : visualisation gels ou blot en chemi-luminescence, stain-free (Biorad)
Hottes PCR (UV) et chimique
Hotte à flux laminaire PSM type II
PCR quantitative en temps réel (CFX OPUS96 Biorad)
Thermocycleurs 96 puits à gradient (Eppendorf, SensoQuest)
Automate InSituProVsi pour le marquage cellulaire, hybridation in situ
Four à hybridation
Electroporateur (Gene Pulser Xcell Eukaryotic System Biorad)
Centrifugeuses (tubes 50mL, 15mL, 2mL, barrettes PCR, plaques PCR)
Incubateurs-agitateurs
Bains secs agitants (Thermo mixer)
Bains-marie
Eau MilliQ et déminéralisée
Autoclave vertical
Balances précision
Réfrigérateurs et congélateurs -20°C et -80°C
Projets majeurs :
Projet ANR LICOCO (2023-2026, IMBE partenaire)
ANR EvolAj (2021-2025, IMBE partenaire)
ANR OriSigNe (2022-2026, IMBE partenaire)
Amidex Pop Transition (2021-2024, IMBE co-coordinateur)
Partenariats avec Parc National des Calanques, Conservatoire Botanique National Méditerranéen, Conservatoire Botanique National Alpin, Parc National Port Cros (projet ROMULEA (2023-2026))
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
- CIFRE
- PME
- Prestation
- Recherche partenariale
Mots clefs : Evolution, écologie évolutive, écologie moléculaire, évolution des plans d’organisation, évolution moléculaire, évolution des génome, génétique des populations, spéciation, phylogéographie, évo-devo, éco-évo-dévo, coévolution hôte-symbiotes, évolution, écologie, écologie microbienne, écologie des communautés, biodiversité et conservation, agroécologie, ecotoxicologie : contamination en milieu marin, microbiologie, biologie marine, biologie & physiologie végétale, biologie marine.
Date de mise à jour : 22/08/2023
Pôle / Axe #6 : N/A
Equipe de recherche :
PPM, Paléoenvironnements et Processus Macroécologiques
Expertises :
L’équipe cherche à reconstruire les environnements et communautés d’organismes à des résolutions chronologiques variées, pour mieux comprendre l’organisation des systèmes écologiques actuels et leur dynamique. Pour ce faire nous adoptons une approche fondée sur l’étude du temps long et l’analyse de la dimension temporelle pour favoriser une gestion durable des territoires.
Nos intérêts :
- Reconstruire le passé des écosystèmes (Holocène, Anthropocène, dernier siècle) ;
- Retracer les trajectoires des systèmes écologiques à l’aide d’archives environnementales (sédiments, bois, Gaz à Effet de Serre : GES) et de disciplines (dendrochronologie, géomorphologie, palynologie, anthracologie, entomologie, malacologie, sédimentologie, géochronologie, biogeographie, climatologie et topoclimatologie, modélisation du fonctionnement des agroécosystèmes passé/présent/futur, modélisation méso-échelle du CO2) ;
- Analyser le fonctionnement des écosystèmes par l’analyse diachronique des indicateurs et des trajectoires et la mise en évidence des mécanismes associés à ces changements, la contextualisation des processus actuels, la reconstitution de variables environnementales clés à partir de modélisations multi-proxies, et la modélisation mécaniste des interactions socio-écologiques.
- Évaluer le rôle des changements climatiques et hydrologiques, des activités anthropiques anciennes, et de leurs interactions, afin de mesurer leur influence sur l’évolution des systèmes socio-écologiques anciens, et leurs empreintes sur les dynamiques actuelles et futures.
Ressources :
- Conteneur frigorifique 4°C pour le stockage des carottes sédimentaires
- Salle d’ouverture et échantillonnage des carottes sédimentaires
- Salle blanche d’extraction pollinique et entomologique
- Atelier de préparation des échantillons dendroécologiques
- Chaines opératoires d’analyses dendrochronologiques, dendroclimatologiques, xylologiques anthracologiques et de composés atmosphériques
- 2 Salles optiques
- Equipements :
- Carottiers Cobra (sol, plaine alluviale)
- Carottiers gravitaire UWITEC avec martelage (lac, lagune)
- Carottier gravitaire Kajak (lac, lagune)
- Carottiers Russe (tourbière, paléolac, lac peu profond)
- Tarières carottage dendrologique
- Annexe gonflable
- Plateforme de carottage légère
- Four
- Etuve
- Réfrigérateurs positifs et congélateurs -20°C et -80°C
- Centrifugeuses
- Micro-densitomètre optique
- Sondes multi-paramètres (câbles 1 et 20 m) : Oxymètre / Conductivité / température / pH.
- Balances de précision (*2)
- Microscopes (simple et double tête, équipé de caméra)
- Loupes binoculaires (équipées de caméra)
- Banc photo pour échantillons longs (carottes sédimentaires)
- Mortiers en agate
- Télédétection LIDAR et sonde météo : dynamique atmosphérique et sources d’aérosols naturelles et anthropiques
- Analyseur de CO2, CO, CH4 atmosphériques
Projets majeurs :
- 2022-2026 MEDITATION « MEDIterranean plant TrAit distribuTION and long-term functional diversity dynamics: a fire prone system »; (IMBE) ; Financement : ANR JCJC
- 2023-2026 MICA « Modelling Interactions between Climate change and Agriculture in the ancient West »;
- 2023-2026 PAHAD-3K « PAleohydrological variability and socio-ecological dynamics in High-AltituDe Kashmir over the last 3000 years »;
- 2022-2025 METHY-GREEN « Etude des sources de méthane en région SUD-PACA et de la transition vers l’hydrogène »
- 2021-2026 STOECHAS « Accompagnement technico-scientifique et gestion du Groupe de Pilotage Scientifique Terrestre (GPST) du projet Stoechas » ;
- 2022-2028 MEDIATION « Développements méthodologiques pour un jumeau numérique robuste et efficace de l’océan »,
- 2023-2028 : IDEAL « artificial Intelligence, Data analytics, and Earth observation applied to sustAinability Lab » 2023-2028.
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
- PME
- Prestation
- Recherche partenariale
Mots clefs : Ecologie, écologie historique, agroécologie, phylogéographie, sociologie, paléoenvironnements, paléoclimats, biodiversité, civilisations antiques, histoire de l’environnement, interactions Agriculture-Climat-Biodiversité, durabilité, changement globaux, changement climatique (CC), adaptation au CC, atténuation du CC.
Date de mise à jour : 22/08/2023
Pôle / Axe #7 : N/A
Equipe de recherche :
VEC, Vulnérabilités écologiques et conservation
Expertises :
Evaluation des processus contrôlant la biodiversité, des populations, communautés et jusqu’au paysage
Etude des effets des changements globaux sur les interactions biotiques (plantes/microorganismes, réseaux trophiques, interactions intra-guildes) et rétroaction sur les communautés; Evaluation des effets des changements globaux sur les réponses/résistances des systèmes écologiques
Etude du rôle de la biodiversité sur les fonctions écosystémiques
Comprendre l’hétérogénéité des paysages, la structure et les composantes de la biodiversité sur le plan fondamental et dans le transfert vers l’aménagement du territoire
Favoriser la prise en compte de la fonctionnalité et de l’intégrité des écosystèmes dans les mesures de gestion : Fixer des protocoles de suivi; Superviser le suivi et évaluer l’efficacité des mesures de gestion
Relation plante/pollinisateurs (abeilles et autres)
Communautés aviaires, communautés microbiennes, communautés végétales, communautés algales, macroinvertébrés benthiques, zooplancton
Traits fonctionnels
Microrefuges
Forêts, garrigues, phryganes, agrosystèmes, lacs, rivières, zones humides, zones méditerranéennes, littorales et tropicales, systèmes insulaires tropicaux
Ressources :
Services communs Dispositifs expérimentaux et Analyses Biologiques et Chimiques
Matériel spécifique à l’équipe :
Matériel d’échantillonnage (pêche électrique, quadras …)
Microscopie microscope à épifluorescence Leica DM 2500, microscope inversé, binoculaire
Mesures biochimiques : spectrophotomètres, lecteur multiplaques Station epMotion 5075 Eppendorf
Matériel de stérilisation, hottes à flux laminaires
Etuves, four à moufles, agitateurs pour cultures
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
- CIFRE
- Prestation
- Recherche partenariale
Mots clefs : Changements globaux, conservation, vulnérabilité des écosystèmes, conservation, gestion de la biodiversité, milieu naturel, semi-naturel, écologie en milieu industriel, gestion des milieux et des populations
Date de mise à jour : 22/08/2023