Thématique(s) : Environnement, Santé et sciences de la vie, Sciences humaines et sociales, Sciences pour l'ingénieur
Directeur(s) / Chef(s) : Valérie Michotey
Site internet : https://www.mio.osupytheas.fr/
Pôle / Axe #1 : Équipe 1 - Océanographie Physique, Littorale et Côtière (OPLC)
Expertises :
La compréhension et la prévision de l’état de l’océan nécessitent la prise en compte de processus interagissant sur un large continuum d’échelles, allant de la turbulence et des vagues, jusqu’à l’échelle de la circulation moyenne et aux séries et campagnes d’observation à l’échelle du bassin. Les objectifs de l’équipe physique du laboratoire visent ainsi l’étude de processus multi-échelles et de leurs interactions dans la dynamique de l’océan et avec l’atmosphère
Ressources :
Radars.
HTMNET.
Mouillage JULIO.
Bassin à houle UTLN.
Grande soufflerie de Luminy.
Instruments de mesure à la mer (flotteurs, ADCP, VVP, FF-ADCP, Ocarina, Timbalès, gliders)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Observation, expérimentation en mer et en laboratoire, radars, développement instrumental, modélisation
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #2 : Équipe 2 - Chimie des Environnements Marins (CEM)
Expertises :
L’équipe Chimie de l’Environnement Marin (CEM) se focalise sur plusieurs questions environnementales :
la caractérisation et la quantification d’éléments organiques et inorganiques en milieu marin,
l’estimation de leur flux du continent vers les océans et leur suivi par des moyens optiques,
la définition de leurs sources et leur devenir dans la colonne d’eau,
l’impact de la diagénèse sédimentaire sur les apports anthropiques.
Ces thématiques s’insèrent dans la problématique générale de la compréhension du cycle des éléments et de l’impact de l’anthropisation des milieux, phénomènes cruciaux dans le contexte du changement climatique global.
Ressources :
Matériel de la plateforme CEM
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : L’équipe CEM s’appuie sur ses fortes compétences et capacités analytiques en chimie marine (outils de pointes en chimie organique et inorganique) pour l’étude d’éléments et contaminants environnementaux de différentes matrices (liquide / eau, aérosol, sédiment, biota).
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #3 : Équipe 3 - Microbiologie Environnementale Biotechnologie (MEB)
Expertises :
L’objectif des recherches menées dans l’équipe «Microbiologie Environnementale et Biotechnologies» est de comprendre le rôle du compartiment microbien dans les écosystèmes marins. Notre objectif est d’intégrer les métabolismes de micro-organismes dans le fonctionnement des cycles biogéochimiques au sein des écosystèmes marins naturels et affectés par des perturbations anthropiques (contaminations organiques et métalliques) ou induites par le changement climatique. Un intérêt particulier est porté sur les milieux extrêmes (hydrothermalisme et milieu profond incluant les processus de bioluminescence) et sur inter-relations entre microorganismes.
Nos objectifs sont de :
mieux caractériser la biodiversité microbienne dans les écosystèmes marins,
identifier les voies métaboliques et les mécanismes moléculaires permettant aux micro-organismes de s’adapter à des conditions environnementales spécifiques, y compris des conditions extrêmes et contaminées,
développer des procédés biotechnologiques pour la bioénergie et la bioremédiation d’environnements contaminés, inspirés de la diversité des métabolismes microbiens.
Pour atteindre ces objectifs, nous développons une approche multidisciplinaire incluant l’écologie microbienne, la génomique et la post-génomique, la génétique et la biochimie. Nos études portent sur des échantillons environnementaux et des microorganismes modèles.
Notre équipe participe à de nombreuses campagnes océanographiques (Tara Oceans, HYDROPRONIE, HIPPOCAMPE, PEACETIME, SARGASSES, MOMARSAT, etc.) pour prélever des échantillons et effectuer une surveillance environnementale à long terme et à grande échelle. Elle participe également au développement d’outils bio-informatiques disponibles pour la communauté scientifique (Ocean Gene Atlas). Nos principaux domaines d’étude sont la mer Méditerranée (programme MOOSE, Antares), le Pacifique (programme SPOT, Micro-Prony), l’Atlantique Nord (EMSO-Açores) et l’océan Arctique (projet Green Edge). Un partenariat solide a été développé avec des instituts de recherche tunisiens, notamment par l’intermédiaire des laboratoires mixtes internationaux H2Biotech et COSYS-MED. Des membres de l’équipe sont associés au consortium Tara Oceans et au projet GO-SEE (Global Oceans Systems Ecology & Evolution). L’équipe possède une souchothèque certifiée ISO9001 de plus de 1800 procaryotes.
Ressources :
Enceintes anaérobies,
PSM,
Incubateurs haute température,
Simulateur chute des particules marines,
Pilote de fermentation,
Pilote de cultures expérimentales,
HPLC,
Chromatographie ionique,
GC-MS,
Spectrophotomètre UV-Vis,
Lecteur de microplaque fluo/luminescence,
Microscopes,
Congélateurs -80°C,
Fast-Prep pour extraction d’acides nucléiques,
Centrifugeuses réfrigérées pour tubes Eppendorf et Falcon,
Tape station,
Nano drop,
GelDoc,
Appareils PCR et qPCR.
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Ecologie microbienne, biodiversité (métabarcoding 16S et 18S), culture et isolement de microorganismes difficilement cultivables (extrémophiles, anaerobies, microaérobie), cultures en conditions hyperbares, cultures en bioréacteur oxygénation controlée, écophysiologie des isolats (métabolites dissous, biogaz), quantifcation de gènes de fonction par qPCR et RT-qPCR, (méta)-génomique/-transcriptomique/-protéomique, activités in-situ, enzymologie, génétique moléculaire, bioinformatique.
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #4 : Équipe 4 - CYcles BiogEochimiques et rôLE fonctionnel des assemblages de micro-organismes planctoniques (CYBELE)
Expertises :
L’objectif majeur de l’équipe est de comprendre le rôle des premiers échelons autotrophes et hétérotrophes du réseau trophique pélagique dans les cycles biogéochimiques, et leur dynamique (pompe biologique, exportation) dans le contexte du changement global.
En effet, ces altérations vont influencer la pompe biologique, ce qui aura pour conséquence une modification des processus de séquestration du carbone par les océans. Nous étudions principalement
le rôle fonctionnel des groupes planctoniques majeurs (micro organismes unicellulaires) en particulier avec une approche à l’échelle individuelle des cellules.
le cycle des éléments biogènes dans la colonne d’eau : bilan, flux, variabilité spatiale et temporelle, stœchiométrie, balance autotrophie/hétérotrophie.
les interactions structures planctoniques/cycles biogéochimiques a différentes échelles spatio-temporelles, permettant d’apprécier leur variabilité et les causes de cette variabilité.
Nous combinons approches expérimentales, travail de terrain et modélisation.
La modélisation biogéochimique (Eco3M) intervient en amont et en aval des expérimentations et des campagnes et est couplée avec la physique.
Cela nécessite des interactions fortes avec toutes les équipes du MIO et une implication dans les axes transverses (COUPLAGE, Pompe Biologique, ETE) et le pole d’observation MIO-OBS.
Ressources :
Matériel des plateformes MIMS,
PRECYM,
PACEM,
radioactivité,
Culture,
Autoéchantillonneurs (sels nutritifs, oxygène dissous).
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Stoechimetrie des elements biogènes dans l'eau de mer, analyse des sels nutritifs (phosphates, silicates, nitrates nitrites phosphates) stocks de C, N, P organiques particulaires et organique dissous, Si biogénique et lithogénique. Identifiication taxonomique du phytoplancton par microscopie inversée, mesure de flux d'elements en milieu marin par isotope stables (ex productio photosynthetique avec le 13C-bicarbonate, fixation d'azote avec le 15N-N2), radioisotopes (production bacterienne heterotrophe), variations des concentrations en O2 (respiration/photosynthese)
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #5 : Équipe 5 - Ecologie Marine et BIOdiversité (EMBIO)
Expertises :
EMBIO est l’acronyme pour Ecologie Marine et BIOdiversité.
EMBIO a pour objectif de comprendre le rôle de la composante biotique dans le fonctionnement des écosystèmes marins, dans le contexte du changement global.
Elle dévelppe des approches basées sur des observations de terrain, des expériences en laboratoire et de la modélisation.
Ses activités sont organisées autour de deux axes :
– une approche intégrée de la production biologique des écosystèmes marins
-une approche écosystémique des perturbations, de la gestion et de la conservation.
EMBIO travaille sur les communautés benthiques et pélagiques et collabe étroitement avec les autres équipes du laboratoire (physique, chimie, biogéochimie et écologie microbienne), ce qui est essentiel pour l’approche écosystémique qui est privillégiée.
Ressources :
Equipements liés aux plateformes Macrophytes (collections),
MIM (microscopie, imagerie),
OMICS
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : taxonomie des marophytes, du zooplancton, des organismes benthiques de substrats dures et des poissons, reconnaissance microscopique, approche semi-atimatique (zooscan, flowcam), physiologie des organismes zooplanctoniques, contenu stomacaux de poissons, isotopie stable,
Date de mise à jour :