MEPHI se concentre sur la biologie évolutive des infections (principalement des bactéries) en mettant l’accent sur les infections émergentes et la résistance aux antimicrobiens.
Microbes, Evolution, Phylogénie, Infection
Thématique(s) : Santé et sciences de la vie
Directeur(s) / Chef(s) : Pierre-Edouard Fournier
Adresse : IHU – Méditerranée Infection 19-21 Boulevard Jean Moulin 13005 Marseille
Site internet : https://www.mediterranee-infection.com/recherche/mephi/
Pôle / Axe #1 :
Equipe de recherche :
Etude des microbiotes humains et la culture des bactéries fastidieuses
Expertises :
Culturomics : Etude du microbiote humain en utilisant des techniques de séquençage à haut débit;
Création d’un nouveau format de description des nouvelles espèces intitulé “new species announcement”;
Microbiote et nutrition : Etude des liens entre l’altération du microbiote et obésité; Etude des altérations du microbiote dans la malnutrition aiguë sévère; Lien entre micro-environnement physicochimique et altération globale du microbiote;
Culture des bactéries fastidieuses : culture des bactéries pathogènes de l’homme ou des animaux, amélioration des méthodes de culture, formulation de nouveaux milieux de culture.
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : culturomics, culture des bactéries fastidieuses, microbiote humain, séquençage haut débit, MALDI-TOF, tube digestif humain, bactérie; taxonogenomic, microbiologie, infection, traitement immunomulateur cancer, nutrition, obésité, bifidobacterium, B. animalis, probiotique, lactobacillus, L. reuteri, malnutrition, microbes anaérobie, Archées méthanogènes, potentiel redox, déficit anti-oxydant, Bifidobacterium adolescentis, Lactobacillus parabuchneri, L. perolens, L. vaccinostercus, Weisselle confusa, micro-environnement, culture anaérobie, acide ascorbique, acide urique, glutathion, bactérie pathogène, Rickettsiales, Anaplasmataceae, Spirochaetes, Mycobactéries, Actinomycetes, T. whipplei, Wolbachiae, respiratoire, urinaire, cutané, lait maternel
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #2 :
Equipe de recherche :
Infections cardiovasculaires
Expertises :
Établir un lien entre les projets de recherche clinique et expérimentaux dans l’endocardite, la péricardite et la myocardite
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Echocardiographie, Imagerie cardiaque et vasculaire, Cardiologie Clinique,
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #3 :
Equipe de recherche :
Découverte d’agents pathogènes anciens et nouveaux
Expertises :
La paléo microbiologie est l’étude des microbiotes anciens et vise à faire le diagnostic rétrospectif des maladies infectieuses à partir d’échantillons humains datant de plusieurs siècles;
Implication des archaea associées au microbiote humain: les méthanogènes, dans certaines pathologies humaines;
Recherche sur les mycobactéries afin d’améliorer le diagnostic;
Ressources :
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Paléomicrobiologie pulpe dentaire peste; typhus, Rickettsia prowazeki, bartonellose, Bartonella quintana, maladie infectieuse, microbiote oral, microbiote digestif, Exploration des microbiotes anciens, Diagnostic de la peste et du typhus et des bartonelloses, Archaea associées au microbiote humain, méthanogènes, bactérie anaérobie, Mycobactéries, tuberculose, ulcère de Buruli, anti-infectieux, Mycobacterium ulcerans, régions endémiques
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #4 :
Equipe de recherche :
Immunobiologie des relations hôtes-pathogènes: de la cellule à la clinique
Expertises :
L’équipe « Immunobiologie des relations hôtes-pathogènes: de la cellule à la clinique » consacre ses recherches à l’infection et à l’immunopathologie et vise à caractériser les interactions hôte-pathogène en utilisant des approches à haut débit pour identifier les signatures des maladies infectieuses et comprendre les mécanismes d’immunopathologie;
Etude des interactions à travers des modèles d’infection in vitro/ex vivo et explorations des patients;
évaluation des facteurs de l’hôte qui influent sur l’évolution de l’infection;
mécanismes allergiques et dysimmunitaires associés à l’interaction hôte-microorganisme : de la paillasse à la clinique;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Cellules myéloïdes, Macrophages, Polarisation macrophagique, Mastocytes Basophiles, Tropheryma whipplei, Maladie de Whipple, Coxiella burnetii, Fièvre Q, Transcriptomique, Grossesse, Placenta, Sexe, Sepsis, Physiopathologie, Allergie, Anaphylaxie, Asthme, Transplantation pulmonaire, Mucoviscidose, Aspergillus, Tryptase,Allergologie moléculaire, Biomarqueurs, Microbiote, Fenêtre périnatale d’opportunité, immunobiologie, immunopathologie, maladie infectieuse, Tropheryma whipplei, Coxiella burnetii, inflammation, horloge moléculaire, chorioamniotite, macrophage placentaire, Aspergillus fumigatus, interaction fongique immunitaire, mastocyte, firbose kystique, infection fongique
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #5 :
Equipe de recherche :
Méga (viromes) humains, animaux et environnementaux au sein du microbiote
Expertises :
Stratégie et méthodologie / NGS et métagenomique : préparation de banques de séquençage;
Stratégie et méthodologie / Culturomique virale : etude du microbiote bactérien digestif, approches classiques combinant culture et détection moléculaire, developpement de l’approche culturomique des virus;
Stratégie et méthodologie / stratégie combinée : Dans le cas d’échantillons humains où un nouveau virus pourrait être détecté grâce à la métagénomique virale, une culturomique virale utilisant le plus grand panel possible de cellules serait appliquée afin d’isoler le virus détecté.
Origine des échantillons étudiés / Virome/microbiote humain: Recherche de nouveaux virus (ou variants) ou microbiotes modifiés en cas de pathologies humaines idiopathiques ou mal caractérisées avec un agent étiologique infectieux suspecté;
Origine des échantillons étudiés / Microbiote fécal : Détection de virus végétaux associés aux phages alimentaires et bactérien;
Origine des échantillons étudiés / Entérocolite nécrosante : mise en évidence de l’association de C. butyricum avec l’entérocolite nécrosante;
Origine des échantillons étudiés / Immunodépression : Recherche de la présence de virus nouveaux et émergents chez les greffés du rein ou du foie;
Origine des échantillons étudiés / Les virus géants dans l’environnement : recherche de nouveaux virus géants utilisant l’isolement à haut débit sur microplaques avec détection par cytométrie en flux;
Questions spécifiques à traiter / Caractérisation des isolats de virus géants les plus récents : isolement de plusieurs nouvelles familles de virus;
Questions spécifiques à traiter / Recherches sur les systèmes impliqués dans la compétition entre les virophages, les virus géants, les amibes et les bactéries : recherche sur la capacité des virus géants pourraient produire des composés antibactériens capables de réguler la croissance bactérienne et si des bactérie intra-amoebiennes pourraient produire des composés antiviraux qui pourraient réguler la croissance des virus géants.
Questions spécifiques à traiter / Recherche de toxine de C. butyricum : identification puis l’expression de cette toxine et des anticorps associés peuvent aider à développer un test diagnostique à utiliser dans les selles des nouveau-nés.
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Métagénomique virale, isolement à haut débit de virus, culture cellulaire, virus géants, microbiote, entérocolite nécrosante, Faustovirus, Kaumoebavirus, Pacmanvirus, Yasminevirus, Cedratvirus, Orpheovirus, Tupavirus, épissage, pré-ARN; capside
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #6 :
Equipe de recherche :
Agents antimicrobiens et résistance, surveillance et stratégies thérapeutiques
Expertises :
L’équipe comprend des experts dans le domaine des maladies infectieuses consacrés à la description et à l’étude des agents pathogènes nouveaux ou émergents dans le contexte de la résistance aux antimicrobiens;
Projet 1 : Découverte de nouveaux pathogènes émergents et de nouveaux mécanismes de résistance aux agents antimicrobiens – Études transversales des hôpitaux, des humains et des milieux vétérinaires;
Projet 2 : Découverte de nouveaux agents antimicrobiens (Projet Antibio-Gut);
Projet 3 : Développement de nouveaux outils d’épidémiologie, de diagnostic, et de stratégies thérapeutiques;
Projet 4 : Surveillance épidémiologique et moléculaire de la résistance aux agents antimicrobiens (humains, animaux et environnement);
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : micro-organisme, résistance anti-microbienne, antimicrobien, intestin humain, culturomique, approche transcriptomique, approche protéomique, parasite, protozoaire, Actinobactéries, Firmicutes, champignons, bactériocines, peptides non ribosomalement synthase, polykétide synthase
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #7 :
Equipe de recherche :
Biologie computationnelle et Biologie de l’évolution
Expertises :
Evolution du système immunitaire et interactions Hôte-Pathogène;
Découverte et l’étude à grande échelle de la diversité génétique et fonctionnelle du règne vivant (comparaisons phylo-génomiques, évolutives et phénotypiques des espèces notamment en liaison avec le pouvoir pathogène, la résistance et le potentiel biotechnologique);
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : Biologie computationnelle, Etudes génomiques, espèces microbiennes, phylogénomique, analyses NGS, métagénomique, biologie moléculaire, biotechnologie, interactions Hôte-Pathogène, génome
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #8 :
Expertises :
Equipe pluridisciplinaire transversale (épidémiologie, sciences cliniques, microbiologie, biostatistique, système d’information médicale, sciences humaines et sociales et anthropologie, communication et approches psychologiques cognitives);
Recherche technologique et le développement avec le démarrage MedihandTrace SAS;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : transmission, infection nosocomiale
Date de mise à jour :