Theories and Approaches of Genomic Complexity (TAGC)

Analyse des données génomiques;
Développement d’approches et d’outils bio-informatiques;
Caractérisation des éléments de régulation et de variants génétiques altérant ces éléments et et les réseaux de régulation concernés;
Déchiffrer le rôle fonctionnel des transcrits non codants;

Bio-informatique, informatique, génique, génomique, immunologie, parasitologie, cardiologie, cancer, hémopathies malignes, sepsies, réseau moléculaire, ARN non-codant, expression de gène, malaria, base de donnée, maladies multifactorielles

Thématique(s) : Santé et sciences de la vie

Directeur(s) / Chef(s) : Pascal RIHET

Adresse : Parc Scientifique de Luminy case 928 163, avenue de Luminy MARSEILLE cedex 09 13288 FRANCE

Site internet : https://tagc.univ-amu.fr/

Pôle / Axe #1 :

Equipe de recherche :
Bio-informatique et génomique des réseaux moléculaires

Expertises :

Le décryptage de l’organisation fonctionnelle du génome;
Le développement de nouvelles stratégies pour intégrer des informations hétérogènes (ensembles de données à grande échelle disponibles publiquement et en interne) dans des modèles prédictifs;
Développer de nouvelles méthodes et de nouveaux outils bio-informatiques;

Ressources :

Outils et application Meta workflow: flux de travail de traitement des données de routine suivant le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données;

Outils et application OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo): effectue des statistiques de chevauchement entre les ensembles de régions génomiques décrites dans les BED ou GTF;

Outils et application PyGTFtk (kit d’outils Python GTF): un package Python destiné à faciliter la gestion des fichiers GTF / GFF2.0 (Gene Transfer Format);

Outils et application Clust and See : un outil pour l’étude de larges réseaux moléculaires;

Outils et application RSAT : un outil pour l’analyse des séquences régulatrices;

Outils et application TAGOOS : une méthode de scoring pour rechercher des régions et des variants régulateurs;

Outils et application VTAM : un pipeline pour le matabarcoding;

Base de données REMAP : Analyse intégrative des régulateurs transcriptionnels basés sur des expériences ChIP-seq à partir d’ensembles de données publiques;

Base de données MoonDB : une base de données des protéines multifonctionnelles;

Base de données MetamORF : une base de données pour les ORF courts;

Projets majeurs :

Plateforme nationale labellisée IBiSA et France Génomique
Enseignement de master
Participation au projet TIGER
Doctorant INSERM/région
Projet de recherche clinique (phase 1 anticancéreux)
Prestations privées ponctuelles

Type(s) de collaboration recherchée(s) :

CIFRE

Mots clefs : Bioinformatique, informatique, genique, genomique, réseau moléculaire, base donnée, expression de gène, chromatine, protéine de liaison ARN, variants régulateurs, PPI

Mise en relation interlocuteur

Date de mise à jour :

Pôle / Axe #2 :

Equipe de recherche :
Génétique et génomique des maladies multifactorielles

Expertises :

Comprendre le rôle de la variation génétique sur les phénotypes et les maladies;
Systèmes biologiques et pathologies (sepsis, paludisme, chagas, cancer, cardiopathie, vieillissement et développement cardiaques, différenciation des lymphocytes T);

Ressources :

Plateforme transcriptomique et génomique : Transcriptomique : ARN-seq unicellulaire (avec ou sans hachage de cellules), ARNm-seq en vrac (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miARN, CGH);
Génomique : reséquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels, etc.;
Épigénomique: ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq;
Séquenceur NextSeq-500 Illumina (20-120Gb);
Scanner de puces à ADN haute résolution Agilent;
Robots : EVO-150 Tecan; Apollo-324 WaferGen; Système Ion Chef, analyseur de fragments;
Appareil Q-PCR (QuantStudio 6 Flex (Applied Biosystems) et AriaMix (Agilent)), et systèmes de quantification d’acides nucléiques (Qbit (Invitrogen), Bioanalyser (Agilent), Nanodrop etc …);

Imagerie (microscope Axioplan2-Zeiss équipé d’une caméra Orca flash4);

Plateforme de culture de cellules;