Recherche basée sur la technologie et observation concernant les maladies vectorisées et leurs arthropodes vecteurs (comme les moustiques, les tiques, les poux, les puces,…), les zoonoses, et les maladies parasitaires.
La surveillance des maladies infectieuses et une approche en sciences humaines et sociales sont développées.
maladie vectorisée, arthropodes, zoonose, maladie parasitaire, maladie infectieuse, épidémiologie, surveillance génomique
Thématique(s) : Santé et sciences de la vie
Directeur(s) / Chef(s) : Phillipe PAROLA
Adresse : IHU Méditerranée Infection 19-21 Boulevard Jean Moulin – 13005 Marseille
Site internet : http://vitrome.fr/
Pôle / Axe #1 :
Equipe de recherche :
Entomologie Médicale – Zoonoses & Microbiologie
Expertises :
Études écologiques et investigations: Insectarium, Utilisation des arthropodes pour compléter le répertoire des micro-organismes associés aux vecteurs et pour la veille des maladies transmises, Spectrométrie de masse MALDI TOF et arthropodes, Modèles expérimentaux pour une meilleure compréhension des interactions entre les arthropodes, les micro-organismes, l’homme et les animaux, Études écologiques et investigations;
Expertise et recherche clinique sur les maladies infectieuses méditerranéennes et tropicales: Rickettsioses; Etudes des causes de fièvres en zone tropicales et méditerranéennes;
Coordination des réseaux de recherche : REMEDIER, GIRAFE;
Zoonoses et microbiologie des agents infectieux;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : insectarium, arthropode, puces, poux, moustique, tique, biologie moléculaire, micro-organisme, spectrométrie de masse, Rickettsia felis, Rhipicephalus sanguineus, Bartonella, maladies infectieuses émergentes, Cimex lectularius, Borrelia recurrentis, fièvre récurrente à poux, parasitisme, épidémie, Rickettsioses, épidémiologie, microbiologie, Infections Emergentes et Réemergentes, vaginose bactérienne
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #2 :
Equipe de recherche :
Paludisme & Vecteurs
Expertises :
Amélioration du diagnostic biologique du paludisme et développement d’outils alternatifs de diagnostic rapide et de meilleure sensibilité;
Surveillance active (cartographie spatiale et temporelle) de la sensibilité de Plasmodium falciparum et P. vivax aux antipaludiques;
Identification et développement de marqueurs moléculaires de résistance aux nouveaux antipaludiques;
Développement de nouveaux antipaludiques (in vitro et in vivo) avec évaluation de leurs modes d’action et de leurs mécanismes de résistance;
Interactions homme-moustique et entomologie, 6) Observance de la chimioprophylaxie antipaludique et des mesures de protections antivectorielles;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : diagnostic rapide, paludisme, outils moléculaires, protéine HRP2, gène pfhrp2, parasitologie, antipaludique, chimioprophylaxie, résistance, artémisinine, marqueurs moléculaires, luméfantrine, pipéraquine, pyronaridine, P. falciparum, neuropaludisme, transmission vectorielle, arthropodes, stratégies anti-vectorielles, pharmacorésistance
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #3 :
Equipe de recherche :
Surveillance épidémiologique et moléculaire des maladies infectieuses
Expertises :
Surveillance spécifique à l’échelle de la population:
Surveillance des maladies infectieuses au niveau local et régional.
Enquêtes sur les maladies infectieuses des voyageurs (Eurotravnet, GeoSentinel).
Enquête sur les maladies infectieuses dans la population des sans-abri de Marseille;
Surveillance nationale des maladies infectieuses par les centres de référence
Surveillance par le centre de référence des rickettsioses, bartonelloses et fièvre Q;
Innovations dans les méthodes de surveillance des maladies infectieuses
Caractérisation des spécificités génomiques et génotypiques des pathogènes émergents et développement d’outils de détection moléculaire spécifiques des pathogènes émergents
Développement de la surveillance moléculaire basée sur la spectrométrie de masse MALDI-TOF des événements épidémiologiques
Développement de méthodes d’évaluation et d’optimisation des algorithmes de détection des éclosions.
Développement d’une plateforme de simulation pour l’étude des comportements et des compétences de surveillance (Project SOAP/DGA);
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomiqueHydroshearCovaris (ultrason)Nébulisation;
Plateforme séquençage : validation des banques Caliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies (Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred_Phrap_ConsedgsAssembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bioinformatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance méméoire partagée, UV100 SGI 196 coeurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 coeurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: 7 micorflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elme
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
r), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : biobanque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : maladie infectieuse, sans-abris, rickettsioses, bartonelloses, fièvre Q, génomique, génotypique, pathogène émergent, épidémiologie, surveillance, microbiologie, voyageurs, Chikungunya, Prophylaxie, dengue, Zika, paludisme, Plasmodium falciparum, Pèlerins du Hajj, enquêtes transversales, micro-organismes, zoonose
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #4 :
Equipe de recherche :
Eucaryotes Pathogènes Tropicaux
Expertises :
Analyse de l’épidémiologie et de la génétique des populations des pathogènes eucaryotes, protozoaires et champignons
Découverte de nouvelles molécules d’intérêt pour le traitement des protozooses (leishmaniose, paludisme) et de mycoses à partir de plates ou de synthèse chimique
Identification de nouvelles cibles thérapeutiques chez Leishmania.
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : eucaryote, épidémiologie, génétique, protozoaire, champignon, protozoose, leishmaniose, paludisme, mycose, plates, leishmania, Toxoplasma gondii, sources environnementales, réservoirs animaux, typage moléculaire, analyse VNTR, P. falciparum, antiparasitaires
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #5 :
Equipe de recherche :
Dilemme & Décision, Risques et Actes Médicaux
Expertises :
Etude des risques infectieux émergents dans une perspective interdisciplinaire, mobilisant l’économie, la santé publique et la sociologie, en articulant cette démarche avec les recherches biomédicales menées dans les autres équipes de VITROME;
Etude des prises de décision et des comportements adoptés, les perceptions des risques apparaissant ici comme un élément clef de la décision
étude de l’adhésion des individus à ces injonctions du corps médical, dans un contexte général qui les exhorte à prendre leur santé en main;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs :
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #6 :
Expertises :
Recherche basée sur la technologie et observation concernant les maladies vectorisées et leurs arthropodes vecteurs (comme les moustiques, les tiques, les poux, les puces,…), les zoonoses, et les maladies parasitaires.
La surveillance des maladies infectieuses et une approche en sciences humaines et sociales sont développées.
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : maladie vectorisée, arthropodes, zoonose, maladie parasitaire, maladie infectieuse, épidémiologie, surveillance génomique
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #7 :
Equipe de recherche :
Entomologie Médicale – Zoonoses & Microbiologie
Expertises :
Études écologiques et investigations: Insectarium, Utilisation des arthropodes pour compléter le répertoire des micro-organismes associés aux vecteurs et pour la veille des maladies transmises, Spectrométrie de masse MALDI TOF et arthropodes, Modèles expérimentaux pour une meilleure compréhension des interactions entre les arthropodes, les micro-organismes, l’homme et les animaux, Études écologiques et investigations;
Expertise et recherche clinique sur les maladies infectieuses méditerrannéenes et tropicales: Rickettsioses; Etudes des causes de fièvres en zone tropicales et méditerranéennes;
Coordination des réseaux de recherche : REMEDIER, GIRAFE;
Zoonoses et microbiologie des agents infectieux;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : insectarium, arthropode, puces, poux, moustique, tique, biologie moléculaire, micro-organisme, spectrométrie de masse, Rickettsia felis, Rhipicephalus sanguineus, Bartonella, maladies infectieuses émergentes, Cimex lectularius, Borrelia recurrentis, fièvre récurrente à poux, parasitisme, épidémie, Rickettsioses, épidémiologie, microbiologie, Infections Emergentes et Réemergentes, vaginose bactérienne
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #8 :
Equipe de recherche :
Paludisme & Vecteurs
Expertises :
Amélioration du diagnostic biologique du paludisme et développement d’outils alternatifs de diagnostic rapide et de meilleure sensibilité;
Surveillance active (cartographie spaciale et temporelle) de la sensibilité de Plasmodium falciparum et P. vivax aux antipaludiques;
Identification et développement de marqueurs moléculaires de résistance aux nouveaux antipaludiques;
Développement de nouveaux antipaludiques (in vitro et in vivo) avec évaluation de leurs modes d’action et de leurs mécanismes de résistance;
Interactions homme-moustique et entomologie, 6) Observance de la chimioprophylaxie antipaludique et des mesures de protections anti-vectorielles;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : diagnostic rapide, paludisme, outils moléculaires, protéine HRP2, gène pfhrp2, parasitologie, antipaludique, chimioprophylaxie, résistance, artémisinine, marqueurs moléculaires, luméfantrine, pipéraquine, pyronaridine, P. falciparum, neuropaludisme, transmission vectorielle, arthropodes, stratégies anti-vectorielles, pharmacorésistance
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #9 :
Equipe de recherche :
Surveillance épidémiologique et moléculaire des maladies infectieuses
Expertises :
Surveillance spécifique à l’échelle de la population:
Surveillance des maladies infectieuses au niveau local et régional.
Enquêtes sur les maladies infectieuses des voyageurs (Eurotravnet, GeoSentinel).
Enquête sur les maladies infectieuses dans la population des sans-abri de Marseille;
Surveillance nationale des maladies infectieuses par les centres de référence
Surveillance par le centre de référence des rickettsioses, bartonelloses et fièvre Q;
Innovations dans les méthodes de surveillance des maladies infectieuses
Caractérisation des spécificités génomiques et génotypiques des pathogènes émergents et développement d’outils de détection moléculaire spécifiques des pathogènes émergents
Développement de la surveillance moléculaire basée sur la spectrométrie de masse MALDI-TOF des événements épidémiologiques
Développement de méthodes d’évaluation et d’optimisation des algorithmes de détection des éclosions.
Développement d’une plateforme de simulation pour l’étude des comportements et des compétences de surveillance (Project SOAP/DGA);
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : maladie infectieuse, sans-abris, rickettsioses, bartonelloses, fièvre Q, génomique, génotypique, pathogène émergent, épidémiologie, surveillance, microbiologie, voyageurs, Chikungunya, Prophylaxie, dengue, Zika, paludisme, Plasmodium falciparum, Pèlerins du Hajj, enquêtes transversales, micro-organismes, zoonose
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #10 :
Equipe de recherche :
Eucaryotes Pathogènes Tropicaux
Expertises :
Analyse de l’épidémiologie et de la génétique des populations des pathogènes eucaryotes, protozoaires et champignons
Découverte de nouvelles molécules d’intérêt pour le traitement des protozooses (leishmaniose, paludisme) et de mycoses à partir de plates ou de synthèse chimique
Identification de nouvelles cibles thérapeutiques chez Leishmania.
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : eucaryote, épidémiologie, génétique, protozoaire, champignon, protozoose, leishmaniose, paludisme, mycose, plates, leishmania, Toxoplasma gondii, sources environnementales, réservoirs animaux, typage moléculaire, analyse VNTR, P. falciparum, antiparasitaires
Date de mise à jour :
Pôle / Axe #11 :
Equipe de recherche :
Dilemme & Décision, Risques et Actes Médicaux
Expertises :
Etude des risques infectieux émergents dans une perspective interdisciplinaire, mobilisant l’économie, la santé publique et la sociologie, en articulant cette démarche avec les recherches biomédicales menées dans les autres équipes de VITROME;
Etude des prises de décision et des comportements adoptés, les perceptions des risques apparaissant ici comme un élément clef de la décision
étude de l’adhésion des individus à ces injonctions du corps médical, dans un contexte général qui les exhorte à prendre leur santé en main;
Ressources :
Plateforme Séquençage : Roche 4542 Titanium GSFLX1Junior, Lifetechnologies1 Solid version 41 Ion Torrent2 Abi 3130, Illumina2 MiSeq;
Plateforme Séquençage : Fragmentation mécanique de l’ADN génomique Hydroshear Covaris (ultrason)
Nébulisation;
Plateforme séquençage : Validation des banquesCaliper labchip II (Perkin Elmer)Bioanalyser 2100 (Agilent)Genios (Fluoromètre Tecan);
Plateforme Séquençage : Automates pour Technologies
(Lifetechnologies)Library builder EmulsifierAmplifierEnricher;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : Logiciels d’assemblage Phred Phrap Consedgs Assembler (GSFLX)Cap 3MosaïckAMoS;
Plateforme Séquençage : traitement des données brutes : logiciels d’alignements BlastClustalWgsMApper (GSFLX)Scripts développés en interne;
Plateforme séquençage : analyse transcriptome et protéiomique : automate de gestion des spots, agilent microarray scanner; maldi-TOF – Brucker Daltonic, seldi-TOF – Ciphergen;
Plateforme bio-informatique : 320 ordinateurs, 12 serveurs, 2 serveurs haute performance mémoire partagée, UV100 SGI 196 cœurs 1 To de mémoire, UV2000 SCGI 256 cœurs 2To de mémoire, stockage dupliqué capacité 80To.
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Biotypage :
– 8 MALDI-TOF-MS Microflex LT (Bruker 2010-2012)
– 1 MALDI-TOF-MS Autoflex Speed (Bruker 2016);
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: Protéomique :
– Robot FreedomEVO 100 (Tecan 2013)
– nanoAcquity 2D-LC (Waters 2013)
– spectromètre hybride Synapt G2Si (Waters 2013);
Plateforme Chromatographie et Spectrometrie de Masse: Petites molécules :
– UHPLC-UV/FLUO H-Class (Waters 2012)
– Headspace-GC/MS (Perkin Elmer 2013)
– GC-TCD (Perkin Elmer 2016)
Plateforme Chromatographie et Spectrométrie de Masse: 7 microflex LT-MALDI-TOF (Bruker), 1 Ultraflex – MALDI-TOF (bruker), 1 SYNAPT G2-Si (WATERS), 1 Clarus 500 GC/TCD (Perkin Elmer), 1 mosquito (TTP Labtech);
Plateforme de Microscopie Electronique : Morgagni 268D( FEI, 100keV), Tecnai G20 (FEI, 200 keV), Leica UltraCut7, VitRobot, Leica EM-PACT2, Immunogold (whole-mount/section), marquage glycoprotéine (ruthénium), tomographie (FEI Explore 3D, IMOD/Etomo), Cryo-TEM (Plunge Freezing);
Plateforme Cultures & P3 : bio banque automatisée;
Plateforme Insectarium : Entomologie Médicale, insectarium;
Plateforme Modèles expérimentaux animaux d’infections microbiennes établis en NSB3/A3;
Plateforme : Centre de recherche vétérinaire;
Plateforme Service de Lyophilisation;
Plateforme Service Imagerie : logiciels : MétaMorph, Leica LAS AF, ZEN, microscope live-imaging, microscopie en milieu confiné P3, microscopie à transmission, microscopie confocal;
– UHPLC-IMS-QTOF (iClass-Vion, Waters 2017)
Projets majeurs :
Project SOAP/DGA;
Projet GIRAFE;
Projet DDREAM REMEDIER;
Type(s) de collaboration recherchée(s) :
Mots clefs : crise sanitaire, risque épidémique, infection émergente, risque infectieux, économie, santé publique, sociologie, vaccination, dépistage, port d’un masque, lavage des mains, prise d’un traitement prophylactique, antibiothérapie, prophylaxie, circulation des informations, professionnels de santé, maladie infectieuse, sociodémographique
Date de mise à jour :